PlantPromoterDB promoter information of AK073875

Summary of Gene (AK073875)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0556700 NCBI
Gene model	AK073875
Description	T-complex 11 family protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 21913435-21914634)

`Genome position from initiation codon` `011-008-G02 AK066869 J023063M16 J033074B12 J033076K24 J033112L13 TSS from cDNA TSS information AK073875 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK073875

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 21912313 -122

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	21912313	-122

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCTCTCTCTCTCTCTCCCC + 21912264 21912285 -171 -150

Y Patch CTCTCCCC + 21912348 21912355 -87 -80

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCTCTCTCTCTCTCTCCCC`	+	21912264	21912285	-171	-150
Y Patch	`CTCTCCCC`	+	21912348	21912355	-87	-80
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCCGTCCGATC + 21912122 21912133 -313 -302

OsREG624 GGCCGTCC     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG562 GCCGTCCG    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG545   CCGTCCGA   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG484    CGTCCGAT PPDB Motif PLACE Motif

OsREG589     GTCCGATC PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCCAACGGCC + 21912151 21912161 -284 -274

OsREG481 ATCCAACG    PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

OsREG548 TCCAACGG   PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

OsREG518   CCAACGGC PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

OsREG494    CAACGGCC PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CATCCACC + 21912173 21912180 -262 -255

OsREG515 CATCCACC PPDB Motif PLACE Motif

REG GCCCACCC + 21912185 21912192 -250 -243

OsREG600 GCCCACCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CACTGACACGTGGGCCCCACGCCTC + 21912243 21912267 -192 -168

OsREG510 CACTGACA                  PPDB Motif PLACE Motif TGAC

OsREG509     GACACGTG              PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG434      ACACGTGG             PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG508       CACGTGGG            PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG449        ACGTGGGC           PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

OsREG571         CGTGGGCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640          GTGGGCCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647           TGGGCCCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641            GGGCCCCA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631             GGCCCCAC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG572              GCCCCACG     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG503                  CACGCCTC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCCGTCCGATC`		+	21912122	21912133	-313	-302
	OsREG624	`GGCCGTCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG562	`GCCGTCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG545	`CCGTCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG484	`CGTCCGAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG589	`GTCCGATC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATCCAACGGCC`		+	21912151	21912161	-284	-274
	OsREG481	`ATCCAACG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG548	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG518	`CCAACGGC`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG494	`CAACGGCC`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`CATCCACC`		+	21912173	21912180	-262	-255
	OsREG515	`CATCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GCCCACCC`		+	21912185	21912192	-250	-243
	OsREG600	`GCCCACCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CACTGACACGTGGGCCCCACGCCTC`		+	21912243	21912267	-192	-168
	OsREG510	`CACTGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
	OsREG509	`GACACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
	OsREG434	`ACACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG508	`CACGTGGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG449	`ACGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG572	`GCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG503	`CACGCCTC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None