PlantPromoterDB promoter information of AK099088

Summary of Gene (AK099088)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	4
Locus	Os04g0654700 NCBI
Gene model	AK099088
Description	Similar to COP9 signalosome complex subunit 5b (EC 3.4.-.-) (Signalosome subunit 5b) (Jun activation domain-binding homolog 1).

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 33791889-33793088)

`Genome position from initiation codon` 006-097-D06 013-016-H01 AF072849 AK062107 J013038I16 J013038L17 J013038N18 J013038O18 J013124A09 J023007N04 J033023C02 J033030M18 J033051A13 J033068I09 J033100E04 J065153E19 J065207I02 J075007A07 J075036M04 J075147I03 J075197L11 TSS from cDNA TSS information AK099088 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK099088

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 33793020 -119

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	33793020	-119

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCCTCCTCTT + 33793046 33793056 -93 -83

Y Patch TCTTCCCC + 33793058 33793065 -81 -74

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCCTCCTCTT`	+	33793046	33793056	-93	-83
Y Patch	`TCTTCCCC`	+	33793058	33793065	-81	-74
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AACTGGGC + 33792887 33792894 -252 -245

OsREG425 AACTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGTGGGCCAA + 33792935 33792946 -204 -193

OsREG498 CAAGTGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG478   AGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG654    GTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG660     TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCCGTCC + 33792957 33792969 -182 -170

OsREG433 AATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445    TGGGCCGT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG584     GGGCCGTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG624      GGCCGTCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCGGCCC + 33792972 33792979 -167 -160

OsREG538 CCCGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AACTGGGC`		+	33792887	33792894	-252	-245
	OsREG425	`AACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAAGTGGGCCAA`		+	33792935	33792946	-204	-193
	OsREG498	`CAAGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG478	`AGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG654	`GTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG660	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCCGTCC`		+	33792957	33792969	-182	-170
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG584	`GGGCCGTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG624	`GGCCGTCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCGGCCC`		+	33792972	33792979	-167	-160
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None