PlantPromoterDB promoter information of AK100570

Summary of Gene (AK100570)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0135700 NCBI
Gene model	AK100570
Description	DNA polymerase V family protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 1881494-1882693)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AK100570 5'->3' (+) Promoter sequence AK069843 J023034H09 J033090D08 J100025N07 J100075G18 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK100570

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 1882715 -129

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	1882715	-129

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CGACTATA + 1882674 1882681 -170 -163

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CGACTATA`	+	1882674	1882681	-170	-163
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGCTCGG + 1882445 1882452 -399 -392

OsREG540 CGGCTCGG PPDB Motif PLACE Motif

REG GGTGGGCCCCAG + 1882511 1882522 -333 -322

OsREG628 GGTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640 GTGGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647   TGGGCCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641    GGGCCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG580     GGCCCCAG PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCCCACGTGTC + 1882535 1882546 -309 -298

OsREG536 CCCCCACG     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG450 CCCCACGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG508   CCCACGTG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG434    CCACGTGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG509     CACGTGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG CCCCACGTGTC + 1882557 1882567 -287 -277

OsREG450 CCCCACGT    PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG508 CCCACGTG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG434   CCACGTGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG509    CACGTGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG TGTGGGCCTAACTGGGCCGGC + 1882594 1882614 -250 -230

OsREG627 TGTGGGCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472 GTGGGCCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656   TGGGCCTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG425          AACTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG454           ACTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565            CTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542             TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG615              GGGCCGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACATGGGCTGAATTGGGCCGCA + 1882620 1882641 -224 -203

OsREG437 ACATGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG467 CATGGGCT              PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG491   ATGGGCTG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657    TGGGCTGA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG433           AATTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492            ATTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563             TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618              TGGGCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG643               GGGCCGCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTGGGCCTC + 1882656 1882665 -188 -179

OsREG581 CTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 TTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587   TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGCTCGG`		+	1882445	1882452	-399	-392
	OsREG540	`CGGCTCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGTGGGCCCCAG`		+	1882511	1882522	-333	-322
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG580	`GGCCCCAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCCCACGTGTC`		+	1882535	1882546	-309	-298
	OsREG536	`CCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG450	`CCCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG508	`CCCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG434	`CCACGTGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG509	`CACGTGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`CCCCACGTGTC`		+	1882557	1882567	-287	-277
	OsREG450	`CCCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG508	`CCCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG434	`CCACGTGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG509	`CACGTGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`TGTGGGCCTAACTGGGCCGGC`		+	1882594	1882614	-250	-230
	OsREG627	`TGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG656	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG425	`AACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG454	`ACTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG615	`GGGCCGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACATGGGCTGAATTGGGCCGCA`		+	1882620	1882641	-224	-203
	OsREG437	`ACATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG467	`CATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG491	`ATGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG657	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`TGGGCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG643	`GGGCCGCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTTGGGCCTC`		+	1882656	1882665	-188	-179
	OsREG581	`CTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 1882475 AK069843, J100025N07, J100075G18, AK069843, J023034H09, J033090D08

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	1882475	AK069843, J100025N07, J100075G18, AK069843, J023034H09, J033090D08

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTGGGGCC - 1882515 1882522 AK069843, J023034H09, J033090D08, J100025N07, J100075G18

OsREG580 CTGGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GACACGTGGGGG - 1882535 1882546 AK069843, J023034H09, J033090D08, J100025N07, J100075G18

OsREG509 GACACGTG     PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG434 ACACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG508   CACGTGGG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG450    ACGTGGGG PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG536     CGTGGGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG GACACGTGGGG - 1882557 1882567 AK069843, J023034H09, J033090D08, J100025N07, J100075G18

OsREG509 GACACGTG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG434 ACACGTGG   PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG508   CACGTGGG PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG450    ACGTGGGG PPDB Motif ACGT PLACE Motif

REG GCCGGCCCAGTTAGGCCCACA - 1882594 1882614 AK069843, J023034H09, J033090D08, J100025N07, J100075G18

OsREG615 GCCGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542 CCGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565   CGGCCCAG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG454    GGCCCAGT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG425     GCCCAGTT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG656            TAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472             AGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627              GGCCCACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGCGGCCCAATTCAGCCCATGT - 1882620 1882641 AK069843, J023034H09, J033090D08, J100025N07, J100075G18

OsREG643 TGCGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618 GCGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   CGGCCCAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492    GGCCCAAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG433     GCCCAATT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657            TCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491             CAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG467              AGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG437               GCCCATGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGGCCCAAG - 1882656 1882665 AK069843, J023034H09, J033090D08, J100025N07, J100075G18

OsREG587 GAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG581   GGCCCAAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif