PlantPromoterDB promoter information of AK100759

Summary of Gene (AK100759)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	9
Locus	Os09g0530700 NCBI
Gene model	AK100759
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 9: 21618213-21619412)

`Genome position from initiation codon` 009-094-B07 009-108-G05 011-041-G01 AK058211 AK062804 J023119B10 J065039L02 J065043O03 J065070M16 J065152D11 J065164G06 J075045M08 J075047H08 J075114I07 J075179C23 J090032P04 J090068D01 J100044L07 J100078I02 TSS from cDNA TSS information AK100759 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK100759

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 21619191 -22

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	21619191	-22

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACAGCCCAATT + 21618929 21618939 -284 -274

OsREG435 ACAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511 CAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG460   AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG433    GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGGTGGGCCCT + 21619051 21619061 -162 -152

OsREG599 TGGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628 GGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640   GTGGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG475    TGGGCCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCGGGCCCACA + 21619104 21619114 -109 -99

OsREG619 GCGGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG566 CGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG640   GGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627    GGCCCACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACAGCCCAATT`		+	21618929	21618939	-284	-274
	OsREG435	`ACAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`CAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG460	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG433	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGGTGGGCCCT`		+	21619051	21619061	-162	-152
	OsREG599	`TGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG475	`TGGGCCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCGGGCCCACA`		+	21619104	21619114	-109	-99
	OsREG619	`GCGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG566	`CGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`GGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None