version
PlantPromoterDB promoter information of AK101109

Summary of Gene (AK101109)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 3  
Locus Os03g0625900        NCBI 
Gene model AK101109  
Description WD40-like domain containing protein.  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 24585257-24584058)

Genome position     
from initiation codon
011-076-E11         
J033025E11          
TSS from cDNA
TSS information
AK101109                         5'->3' (-)
Promoter sequence

















 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK101109

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakCclone-24584409-152

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCCCCCTCTC-2458436024584369-103-112
Y PatchCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCCTCCTCCCCC-2458440224584451-145-194
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACCCCCCACCAC-2458446324584474-206-217
 OsREG438ACCCCCCA     PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG527    CCCACCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGGGCCCAAAA-2458448924584499-232-242
 OsREG566CGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA, ACGGGC  PLACE Motif 
 OsREG639 GGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG625  GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG592   GCCCAAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAAAAGCCCAACAGGGCCCATAT-2458451624584537-259-280
 OsREG419AAAAGCCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG421 AAAGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG426  AAGCCCAA             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG458   AGCCCAAC            PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG594    GCCCAACA           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG475           AGGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG489            GGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG630             GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG480              GCCCATAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGCCGAGA-2458453924584546-282-289
 OsREG635GGCCGAGA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.