PlantPromoterDB promoter information of AK102448

Summary of Gene (AK102448)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0614100 NCBI
Gene model	AK102448
Description	Alpha 1-2 subunit of 20S proteasome.

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 25954833-25953634)

`Genome position from initiation codon` `AB032062 AK058885 AK069145 J023007E07 J033093O06 TSS from cDNA TSS information AK102448 5'->3' (-) Promoter sequence Os07g0614166 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK102448

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 25953898 -65

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	25953898	-65

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTCCTCCCC - 25953915 25953925 -82 -92

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTCCTCCCC`	-	25953915	25953925	-82	-92
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGATGGGCT - 25953966 25953974 -133 -141

OsREG456 AGATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG466 GATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTTGGGCCGCA - 25953988 25953999 -155 -166

OsREG592 TTTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618    TGGGCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG643     GGGCCGCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCTGGGCCCACTCC - 25954040 25954053 -207 -220

OsREG629 TCTGGGCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG579 CTGGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640    GGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG478     GGCCCACT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG532       CCCACTCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCCGGA - 25954066 25954077 -233 -244

OsREG493 ATTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG644     GGGCCGGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAACGGTC - 25954113 25954120 -280 -287

OsREG495 CAACGGTC PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGATGGGCT`		-	25953966	25953974	-133	-141
	OsREG456	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG466	`GATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTTTGGGCCGCA`		-	25953988	25953999	-155	-166
	OsREG592	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`TGGGCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG643	`GGGCCGCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCTGGGCCCACTCC`		-	25954040	25954053	-207	-220
	OsREG629	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG579	`CTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG478	`GGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG532	`CCCACTCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCGGA`		-	25954066	25954077	-233	-244
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG644	`GGGCCGGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAACGGTC`		-	25954113	25954120	-280	-287
	OsREG495	`CAACGGTC`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None