version
PlantPromoterDB promoter information of AK103269

Summary of Gene (AK103269)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 5  
Locus Os05g0455600        NCBI 
Gene model AK103269  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 5: 22426394-22427593)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AK103269                         5'->3' (+)
Promoter sequence

 
012-015-F11         
015-079-E10         
AK101985            
AK102633            
AY574031            
D49714              
J013002F07          
J013043L08          
J013073L12          
J013109J01          
J013135A11          
J013160N05          
J023004K13          
J023058N13          
J023072D20          
J023074I19          
J023098A09          
J023150I05          
J033035C04          
J033045F19          
J033073D24          
J033085C02          
J033096C03          
J033097F01          
J033099M14          
J033111F22          
J033124C15          
J033131C12          
J043024F23          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence










 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK103269

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+22430038-156

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCACGGCCCAGTA+2242982322429834-371-360
 OsREG504CACGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG445 ACGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifAACAAAC 
 OsREG565  CGGCCCAG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG454   GGCCCAGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG604    GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGCACCGCACGCG+2242987722429889-317-305
 OsREG554CGCACCGC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG500  CACCGCAC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG555     CGCACGCG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCCACGCCTC+2242996122429970-233-224
 OsREG636TCCACGCC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG503  CACGCCTC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-22426630AK102633, AK102633, J033085C02, J013002F07, D49714, AY574031, AK101985
TSS clone peakTclone-22426629AK102633, AK102633, J033085C02, J013002F07, D49714, AY574031, AK101985

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCCCCCTC-2242661722426624AK101985, AK102633, AY574031, D49714, J013002F07, J033085C02
Y PatchCCCTTCCTCTTTTCTCCTCCTCCT-2242663122426654AK101985, AK102633, AY574031, D49714, J013002F07, J033085C02
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGCGTGTGGC-2242675522426762AK101985, AK102633, AY574031, D49714, J013002F07, J033085C02
 OsREG573CGTGTGGC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCTGGGCCAA-2242684322426852AK101985, AK102633, AY574031, D49714, J013002F07, J033085C02
 OsREG629TCTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG578 CTGGGCCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG660  TGGGCCAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCTCGCGCG-2242689922426906AK101985, AK102633, AY574031, D49714, J013002F07, J033085C02
 OsREG558CTCGCGCG PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.