PlantPromoterDB promoter information of AK103487

Summary of Gene (AK103487)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	11
Locus	Os11g0615700 NCBI
Gene model	AK103487
Description	Proteasome subunit alpha type 5 (EC 3.4.25.1) (20S proteasome alpha subunit E) (20S proteasome subunit alpha-5).

#

Overview

Focused view (chromosome 11: 25787340-25786141)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AK103487 5'->3' (-) Promoter sequence AB080262 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK103487

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 25785082 -192

TSS clone peak G clone - 25784978 -88

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	25785082	-192
TSS clone peak	`G`	clone	-	25784978	-88

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCCCTCCTCTT - 25784992 25785003 -102 -113

Y Patch TCCCTCTC - 25785051 25785058 -161 -168

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCCCTCCTCTT`	-	25784992	25785003	-102	-113
Y Patch	`TCCCTCTC`	-	25785051	25785058	-161	-168
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAGGTGGGTCCC - 25785083 25785094 -193 -204

OsREG514 CAGGTGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG622    GTGGGTCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG637     TGGGTCCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CCATGGGCCTC - 25785133 25785143 -243 -253

OsREG525 CCATGGGC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG517 CATGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG474   ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587    TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACACGTGGGCCCGCA - 25785151 25785165 -261 -275

OsREG434 ACACGTGG        PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG508 CACGTGGG       PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG449   ACGTGGGC      PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

OsREG571    CGTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640     GTGGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG566      TGGGCCCG   PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG619       GGGCCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG632        GGCCCGCA PPDB Motif PLACE Motif

REG ATTTGGGCCTT - 25785175 25785185 -285 -295

OsREG493 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471   TTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430    TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGGGGCCCACT - 25785302 25785312 -412 -422

OsREG641 TGGGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647 GGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640   GGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG478    GGCCCACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACGGCCCG - 25785371 25785379 -481 -489

OsREG423 AACGGCCC PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif

OsREG446 ACGGCCCG PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAGGTGGGTCCC`		-	25785083	25785094	-193	-204
	OsREG514	`CAGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG622	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG637	`TGGGTCCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CCATGGGCCTC`		-	25785133	25785143	-243	-253
	OsREG525	`CCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACACGTGGGCCCGCA`		-	25785151	25785165	-261	-275
	OsREG434	`ACACGTGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG508	`CACGTGGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG449	`ACGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG566	`TGGGCCCG`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG619	`GGGCCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG632	`GGCCCGCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCTT`		-	25785175	25785185	-285	-295
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGGGGCCCACT`		-	25785302	25785312	-412	-422
	OsREG641	`TGGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`GGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG478	`GGCCCACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACGGCCCG`		-	25785371	25785379	-481	-489
	OsREG423	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	OsREG446	`ACGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None