version
PlantPromoterDB promoter information of AK103686

Summary of Gene (AK103686)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 1  
Locus Os01g0844800        NCBI 
Gene model AK103686  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 38034433-38035632)

Genome position     
from initiation codon
AK099801            
AK102882            
J013020D17          
J013045N04          
J013069H16          
J013091C07          
J013098A15          
J013120O21          
J013126N04          
J013157B03          
J023037D19          
J023039C09          
J023039O16          
J023150P13          
J033052H09          
J033071M04          
J033081H22          
J033087D17          
J033112I24          
J033116E10          
J033136F19          
J033143C20          
J043026B13          
J043029A11          
J065089H15          
J065095C16          
J065115L18          
J065158P10          
J065204A13          
J090001I11          
J090006C14          
J090007F13          
J090009H13          
J090016I12          
J090016K21          
J090018B17          
J090023I22          
J090024B17          
J090024M17          
J090030M06          
J090032H20          
J090045H17          
J090057M09          
J090067G04          
J090073G01          
J090078J01          
J090079N23          
J100050H14          
TSS from cDNA
TSS information
AK103686                         5'->3' (+)
Promoter sequence








 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK103686

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+38034800-633
TSS clone peakGclone+38034804-629

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCCTTCCTC+3803478738034795-646-638
Y PatchCCCCCCTCC+3803480938034817-624-616
Y PatchCTCTCCCCC+3803483838034846-595-587
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCACCAACTGGGCCCCACA+3803453938034557-894-876
 OsREG520CCACCAAC            PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 OsREG425     AACTGGGC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG454      ACTGGGCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG579       CTGGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647        TGGGCCCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG641         GGGCCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG631          GGCCCCAC  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG611           GCCCCACA PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCCGGCCC+3803462838034635-805-798
 OsREG538CCCGGCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTGTCAGTG+3803464038034647-793-786
 OsREG510TGTCAGTG PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 
REGATCTGGGCCGTC+3803471738034728-716-705
 OsREG486ATCTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG629 TCTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG565  CTGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG445   TGGGCCGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifAACAAAC 
 OsREG584    GGGCCGTC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGATCCGACGG+3803473738034746-696-687
 OsREG588GATCCGAC   PPDB MotifCCGAC  PLACE Motif 
 OsREG483 ATCCGACG  PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCGACG 
 OsREG546  TCCGACGG PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCGACG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.