PlantPromoterDB promoter information of AK105523

Summary of Gene (AK105523)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0192100 NCBI
Gene model	AK105523
Description	Peptidase S10, serine carboxypeptidase family protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 4767000-4768199)

`Genome position from initiation codon` `AK064747 TSS from cDNA TSS information AK105523 5'->3' (+) Promoter sequence 013-025-B02 AK066502 J013074E12 J033042O12 J065081J17 J065101C20 J065167I16 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK105523

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 4767961 -39

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	4767961	-39

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATTTGGGCCGGGC + 4767707 4767719 -293 -281

OsREG493 ATTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG538     GGGCCGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG614      GGCCGGGC PPDB Motif PLACE Motif

REG TATGGGCCTT + 4767734 4767743 -266 -257

OsREG630 TATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474 ATGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430   TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATTTGGGCCGGGC`		+	4767707	4767719	-293	-281
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG538	`GGGCCGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG614	`GGCCGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TATGGGCCTT`		+	4767734	4767743	-266	-257
	OsREG630	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None