PlantPromoterDB promoter information of AK109369

Summary of Gene (AK109369)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0958100 NCBI
Gene model	AK109369
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 44034191-44032992)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AK109369 5'->3' (-) Promoter sequence AK107370 J075001H07 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK109369

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 44032285 -44

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	44032285	-44

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTTCGGCC - 44032334 44032341 -93 -100

OsREG634 TTTCGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CAAGTGGGCTTTACATGGGCCTTGAGCCCATGGGCT - 44032347 44032382 -106 -141

OsREG498 CAAGTGGG                             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG427    GTGGGCTT                          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG421     TGGGCTTT                         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG437             ACATGGGC                 PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517              CATGGGCC                PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG474               ATGGGCCT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430                TGGGCCTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG497                 GGGCCTTG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG467                         AGCCCATGGGCT PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG525                          GCCCATGGGC PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG TCGTGGGCCTCATGGGCCGCA - 44032407 44032427 -166 -186

OsREG601 TCGTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571 CGTGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472   GTGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587    TGGGCCTC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG609          TCATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517           CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG490            ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618             TGGGCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG643              GGGCCGCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCT - 44032441 44032449 -200 -208

OsREG422 AAATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG432 AATGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCGTGGGCCTCATGGGCCGCA - 44032475 44032495 -234 -254

OsREG601 TCGTGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571 CGTGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472   GTGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587    TGGGCCTC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG609          TCATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517           CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG490            ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618             TGGGCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG643              GGGCCGCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCAGCCC - 44032534 44032542 -293 -301

OsREG603 GCCCAGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG533 CCCAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGAAAGC - 44032565 44032572 -324 -331

OsREG621 GGGAAAGC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTTCGGCC`		-	44032334	44032341	-93	-100
	OsREG634	`TTTCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CAAGTGGGCTTTACATGGGCCTTGAGCCCATGGGCT`		-	44032347	44032382	-106	-141
	OsREG498	`CAAGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG427	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG421	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG437	`ACATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG497	`GGGCCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG467	`AGCCCATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG525	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`TCGTGGGCCTCATGGGCCGCA`		-	44032407	44032427	-166	-186
	OsREG601	`TCGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG609	`TCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`TGGGCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG643	`GGGCCGCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCT`		-	44032441	44032449	-200	-208
	OsREG422	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG432	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCGTGGGCCTCATGGGCCGCA`		-	44032475	44032495	-234	-254
	OsREG601	`TCGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG609	`TCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`TGGGCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG643	`GGGCCGCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCCAGCCC`		-	44032534	44032542	-293	-301
	OsREG603	`GCCCAGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG533	`CCCAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGAAAGC`		-	44032565	44032572	-324	-331
	OsREG621	`GGGAAAGC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 44033657 AK107370, AK107370, J075001H07

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	44033657	AK107370, AK107370, J075001H07

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box AGCTATAAAAA + 44033624 44033634 AK107370, J075001H07

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`AGCTATAAAAA`	+	44033624	44033634	AK107370, J075001H07
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGCCCGCA + 44033445 44033452 AK107370, J075001H07

OsREG632 GGCCCGCA PPDB Motif PLACE Motif

REG GCCCATCCA + 44033594 44033602 AK107370, J075001H07

OsREG608 GCCCATCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG534 CCCATCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif