PlantPromoterDB promoter information of AK110628

Summary of Gene (AK110628)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0439900 NCBI
Gene model	AK110628
Description	Mitochondrial glycoprotein family protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 21484922-21486121)

`Genome position from initiation codon` `J065118D13 TSS from cDNA TSS information AK110628 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK110628

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 21485716 -56

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	21485716	-56

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCCTTCC + 21485732 21485739 -40 -33

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCCTTCC`	+	21485732	21485739	-40	-33
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGTGGGGCCCATGTGGGTCCCAC + 21485433 21485455 -339 -317

OsREG611 TGTGGGGC                PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631 GTGGGGCC               PPDB Motif PLACE Motif

OsREG641   TGGGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647    GGGGCCCA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG489     GGGCCCAT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517      GGCCCATG           PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG437       GCCCATGT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG622             GTGGGTCC    PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG637              TGGGTCCC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG648               GGGTCCCA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG650                GGTCCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG CGCCACGTC + 21485468 21485476 -304 -296

OsREG448 CGCCACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG585 GCCACGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG AACTGGGCCCATT + 21485612 21485624 -160 -148

OsREG425 AACTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG454 ACTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG579   CTGGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG489     GGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431      GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCGGCC + 21485638 21485645 -134 -127

OsREG614 GCCCGGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGTGGGGCCCATGTGGGTCCCAC`		+	21485433	21485455	-339	-317
	OsREG611	`TGTGGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG631	`GTGGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG641	`TGGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`GGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG489	`GGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG437	`GCCCATGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG622	`GTGGGTCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG637	`TGGGTCCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG648	`GGGTCCCA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG650	`GGTCCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`CGCCACGTC`		+	21485468	21485476	-304	-296
	OsREG448	`CGCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
	OsREG585	`GCCACGTC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`AACTGGGCCCATT`		+	21485612	21485624	-160	-148
	OsREG425	`AACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG454	`ACTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG579	`CTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG489	`GGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCCGGCC`		+	21485638	21485645	-134	-127
	OsREG614	`GCCCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None