PlantPromoterDB promoter information of AK111014

Summary of Gene (AK111014)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0571300 NCBI
Gene model	AK111014
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 28555954-28554755)

`Genome position from initiation codon` `AK072262 AK109853 TSS from cDNA TSS information AK111014 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK111014

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 28558717 -363

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	28558717	-363

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATATAAAG - 28558742 28558749 -388 -395

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATATAAAG`	-	28558742	28558749	-388	-395
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCAGGCCCAACA - 28558758 28558769 -404 -415

OsREG524 CCAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513 CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626    GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG594     GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGGCCCATCTGGCCCATA - 28558774 28558792 -420 -438

OsREG660 TTGGCCCA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG488 TGGCCCAT TGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590   GGCCCATC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG456    GCCCATCT         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG638         TCTGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577          CTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630            GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCAGGCCCAACA`		-	28558758	28558769	-404	-415
	OsREG524	`CCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG594	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTGGCCCATCTGGCCCATA`		-	28558774	28558792	-420	-438
	OsREG660	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG488	`TGGCCCAT TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG456	`GCCCATCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG638	`TCTGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`CTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None