PlantPromoterDB promoter information of AK111366

Summary of Gene (AK111366)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0544700 NCBI
Gene model	AK111366
Description	Conserved hypothetical protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 27387000-27385801)

`Genome position from initiation codon` 009-168-G01 011-046-D09 012-042-B06 013-035-H12 014-010-B11 014-097-E06 015-003-E12 015-040-B04 AK060536 AK102666 AK119660 J090049N23 J090084G06 TSS from cDNA TSS information AK111366 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK111366

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak T clone - 27384211 -61

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`T`	clone	-	27384211	-61

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCCACAC - 27384482 27384489 -332 -339

OsREG535 CCCCACAC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCCACAC`		-	27384482	27384489	-332	-339
	OsREG535	`CCCCACAC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 27385839 AK119660, AK119660, J090049N23, J090084G06, 013-072-A10, 011-046-D09, 009-168-G01, 012-003-C08, AK102666, 014-097-E06, 014-010-B11, D87261, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, 013-035-H12, 012-042-B06

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	27385839	AK119660, AK119660, J090049N23, J090084G06, 013-072-A10, 011-046-D09, 009-168-G01, 012-003-C08, AK102666, 014-097-E06, 014-010-B11, D87261, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, 013-035-H12, 012-042-B06

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCCCCC - 27385804 27385812 009-168-G01, 011-046-D09, 012-003-C08, 012-042-B06, 013-035-H12, 013-072-A10, 014-010-B11, 014-097-E06, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, AK102666, AK119660, D87261, J090049N23, J090084G06

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCCCCC`	-	27385804	27385812	009-168-G01, 011-046-D09, 012-003-C08, 012-042-B06, 013-035-H12, 013-072-A10, 014-010-B11, 014-097-E06, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, AK102666, AK119660, D87261, J090049N23, J090084G06
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCCGGGCC - 27385920 27385927 009-168-G01, 011-046-D09, 012-003-C08, 012-042-B06, 013-035-H12, 013-072-A10, 014-010-B11, 014-097-E06, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, AK102666, AK119660, D87261, J090049N23, J090084G06

OsREG539 CCCGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CGGGTCCCCACCAC - 27385948 27385961 009-168-G01, 011-046-D09, 012-003-C08, 012-042-B06, 013-035-H12, 013-072-A10, 014-010-B11, 014-097-E06, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, AK102666, AK119660, D87261, J090049N23, J090084G06

OsREG569 CGGGTCCC       PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG527       CCCACCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGGCCCGGT - 27385973 27385982 009-168-G01, 011-046-D09, 012-003-C08, 012-042-B06, 013-035-H12, 013-072-A10, 014-010-B11, 014-097-E06, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, AK102666, AK119660, D87261, J090049N23, J090084G06

OsREG567 GGGGCCCG   PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG543 GGGCCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG441   GGCCCGGT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGCGTCCTGGGCCGTCGGATC - 27386009 27386030 009-168-G01, 011-046-D09, 012-003-C08, 012-042-B06, 013-035-H12, 013-072-A10, 014-010-B11, 014-097-E06, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, AK102666, AK119660, D87261, J090049N23, J090084G06

OsREG442 ACGCGTCC               PPDB Motif PLACE Motif

OsREG550       CCTGGGCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565        CTGGGCCG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445         TGGGCCGT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG584          GGGCCGTC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG546             CCGTCGGA   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG483              CGTCGGAT PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG588               GTCGGATC PPDB Motif CCGAC PLACE Motif

REG CGGGTCCC - 27386059 27386066 009-168-G01, 011-046-D09, 012-003-C08, 012-042-B06, 013-035-H12, 013-072-A10, 014-010-B11, 014-097-E06, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, AK102666, AK119660, D87261, J090049N23, J090084G06

OsREG569 CGGGTCCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG GTGTGGGGCCCACGCG - 27386074 27386089 009-168-G01, 011-046-D09, 012-003-C08, 012-042-B06, 013-035-H12, 013-072-A10, 014-010-B11, 014-097-E06, 015-003-E12, 015-040-B04, AK060536, AK102666, AK119660, D87261, J090049N23, J090084G06

OsREG535 GTGTGGGG         PPDB Motif PLACE Motif

OsREG611 TGTGGGGC        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631   GTGGGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG641    TGGGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647     GGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640      GGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571       GGCCCACG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG602        GCCCACGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG530         CCCACGCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif