PlantPromoterDB promoter information of AK119553

Summary of Gene (AK119553)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0183300 NCBI
Gene model	AK119553
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 4357783-4356584)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AK119553 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK119553

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 4351794 -61

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	4351794	-61

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCCTTCCTC - 4351795 4351808 -62 -75

Y Patch CCCCCCTCCCCC - 4351830 4351841 -97 -108

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCCTTCCTC`	-	4351795	4351808	-62	-75
Y Patch	`CCCCCCTCCCCC`	-	4351830	4351841	-97	-108
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCCCGCGTGGGCCCCACCCACCTG - 4351933 4351957 -200 -224

OsREG537 CCCCCGCG                  PPDB Motif PLACE Motif

OsREG530     CGCGTGGG              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG602      GCGTGGGC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571       CGTGGGCC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640        GTGGGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647         TGGGCCCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641          GGGCCCCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631           GGCCCCAC        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612            GCCCCACC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG514                  CCCACCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGTGGG - 4352000 4352007 -267 -274

OsREG498 CAAGTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CACGGCCCG - 4352028 4352036 -295 -303

OsREG504 CACGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG446 ACGGCCCG PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCCCGCGTGGGCCCCACCCACCTG`		-	4351933	4351957	-200	-224
	OsREG537	`CCCCCGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG530	`CGCGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG602	`GCGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG514	`CCCACCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAAGTGGG`		-	4352000	4352007	-267	-274
	OsREG498	`CAAGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CACGGCCCG`		-	4352028	4352036	-295	-303
	OsREG504	`CACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG446	`ACGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None