PlantPromoterDB promoter information of AK119703

Summary of Gene (AK119703)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	6
Locus	Os06g0482200 NCBI
Gene model	AK119703
Description	Thioredoxin fold domain containing protein.

#

Overview

Focused view (chromosome 6: 17245387-17244188)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AK119703 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AK119703

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone - 17243456 -469

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	17243456	-469

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCTCTCTTTC - 17243456 17243467 -469 -480

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCTCTCTTTC`	-	17243456	17243467	-469	-480
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGTTGGGCCGCA - 17243511 17243522 -524 -535

OsREG594 TGTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626 GTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618    TGGGCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG643     GGGCCGCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTGGCCCAATA - 17243586 17243596 -599 -609

OsREG660 TTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG596    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGCCAGA - 17243628 17243635 -641 -648

OsREG638 GGGCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGAGGGAC - 17243669 17243676 -682 -689

OsREG652 TGAGGGAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGTTGGGCCGCA`		-	17243511	17243522	-524	-535
	OsREG594	`TGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`TGGGCCGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG643	`GGGCCGCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTGGCCCAATA`		-	17243586	17243596	-599	-609
	OsREG660	`TTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG596	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGCCAGA`		-	17243628	17243635	-641	-648
	OsREG638	`GGGCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGAGGGAC`		-	17243669	17243676	-682	-689
	OsREG652	`TGAGGGAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None