PlantPromoterDB promoter information of AY551916

Summary of Gene (AY551916)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0752800 NCBI
Gene model	AY551916
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 31804367-31803168)

`Genome position from initiation codon` `AB041020 AF058697 AF139664 AK121171 AY332478 J023081C04 TSS from cDNA TSS information AY551916 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AY551916

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 31804723 -306

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	31804723	-306

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCCCCC - 31804706 31804713 -289 -296

Y Patch TCCTCCTCCTCCTCCTCCTC - 31804724 31804743 -307 -326

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCCCCC`	-	31804706	31804713	-289	-296
Y Patch	`TCCTCCTCCTCCTCCTCCTC`	-	31804724	31804743	-307	-326
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCTCGCCC - 31804849 31804856 -432 -439

OsREG549 CCTCGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGGCCCGGGCCGGC - 31804861 31804875 -444 -458

OsREG567 GGGGCCCG        PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG543 GGGCCCGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG539   GGCCCGGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG544      CCGGGCCG   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG615        GGGCCGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGCACGCGTCGC - 31804884 31804895 -467 -478

OsREG555 CGCACGCG     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG559     CGCGTCGC PPDB Motif PLACE Motif CGACG

REG TCGGCCCAGAAAAGCCCACGA - 31804908 31804928 -491 -511

OsREG658 TCGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565 CGGCCCAG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG629   GGCCCAGA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG419          AAAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG421           AAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG427            AAGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG463             AGCCCACG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG601              GCCCACGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GACGGCCCAAAA - 31804934 31804945 -517 -528

OsREG584 GACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG563   CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG592     GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATGGCCCACCC - 31804965 31804975 -548 -558

OsREG487 ATGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG654 TGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628   GGCCCACC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG600    GCCCACCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGC - 31804986 31804993 -569 -576

OsREG433 AATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCTCGCCC`		-	31804849	31804856	-432	-439
	OsREG549	`CCTCGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGGCCCGGGCCGGC`		-	31804861	31804875	-444	-458
	OsREG567	`GGGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG543	`GGGCCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG539	`GGCCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG544	`CCGGGCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG615	`GGGCCGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGCACGCGTCGC`		-	31804884	31804895	-467	-478
	OsREG555	`CGCACGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG559	`CGCGTCGC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`CGACG`
REG	`TCGGCCCAGAAAAGCCCACGA`		-	31804908	31804928	-491	-511
	OsREG658	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG629	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG419	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG421	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG427	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG463	`AGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG601	`GCCCACGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GACGGCCCAAAA`		-	31804934	31804945	-517	-528
	OsREG584	`GACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG592	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATGGCCCACCC`		-	31804965	31804975	-548	-558
	OsREG487	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG654	`TGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG600	`GCCCACCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGC`		-	31804986	31804993	-569	-576
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None