PlantPromoterDB promoter information of D87261

Summary of Gene (D87261)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0544800 NCBI
Gene model	D87261
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 27386837-27385638)

`Genome position from initiation codon` 009-168-G01 011-046-D09 012-003-C08 012-042-B06 013-035-H12 013-072-A10 014-010-B11 014-097-E06 015-003-E12 015-040-B04 AK060536 AK102666 AK119660 J090049N23 J090084G06 TSS from cDNA TSS information D87261 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of D87261

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 27385839 -152

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	27385839	-152

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCCCCC - 27385804 27385812 -117 -125

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCCCCC`	-	27385804	27385812	-117	-125
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCGGGCC - 27385920 27385927 -233 -240

OsREG539 CCCGGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG CGGGTCCCCACCAC - 27385948 27385961 -261 -274

OsREG569 CGGGTCCC       PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG527       CCCACCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGGCCCGGT - 27385973 27385982 -286 -295

OsREG567 GGGGCCCG   PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG543 GGGCCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG441   GGCCCGGT PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGCGTCCTGGGCCGTCGGATC - 27386009 27386030 -322 -343

OsREG442 ACGCGTCC               PPDB Motif PLACE Motif

OsREG550       CCTGGGCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG565        CTGGGCCG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445         TGGGCCGT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG584          GGGCCGTC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG546             CCGTCGGA   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG483              CGTCGGAT PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

OsREG588               GTCGGATC PPDB Motif CCGAC PLACE Motif

REG CGGGTCCC - 27386059 27386066 -372 -379

OsREG569 CGGGTCCC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG GTGTGGGGCCCACGCG - 27386074 27386089 -387 -402

OsREG535 GTGTGGGG         PPDB Motif PLACE Motif

OsREG611 TGTGGGGC        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631   GTGGGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG641    TGGGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647     GGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640      GGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571       GGCCCACG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG602        GCCCACGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG530         CCCACGCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCGGGCC`		-	27385920	27385927	-233	-240
	OsREG539	`CCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGGGTCCCCACCAC`		-	27385948	27385961	-261	-274
	OsREG569	`CGGGTCCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG527	`CCCACCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGGCCCGGT`		-	27385973	27385982	-286	-295
	OsREG567	`GGGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG543	`GGGCCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG441	`GGCCCGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGCGTCCTGGGCCGTCGGATC`		-	27386009	27386030	-322	-343
	OsREG442	`ACGCGTCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG550	`CCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG565	`CTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG584	`GGGCCGTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG546	`CCGTCGGA`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG483	`CGTCGGAT`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CGACG`
	OsREG588	`GTCGGATC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif
REG	`CGGGTCCC`		-	27386059	27386066	-372	-379
	OsREG569	`CGGGTCCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`GTGTGGGGCCCACGCG`		-	27386074	27386089	-387	-402
	OsREG535	`GTGTGGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG611	`TGTGGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG631	`GTGGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG641	`TGGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`GGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`GGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG602	`GCCCACGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG530	`CCCACGCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None