PlantPromoterDB promoter information of J013000B17

Summary of Gene (J013000B17)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0583800 NCBI
Gene model	J013000B17
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 22256340-22257539)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J013000B17 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J013000B17

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 22258325 -65

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	22258325	-65

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCACTCC + 22258063 22258070 -327 -320

OsREG532 CCCACTCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTGGCCCAGCC + 22258080 22258090 -310 -300

OsREG577 CTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG578 TGGCCCAG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620   GGCCCAGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG603    GCCCAGCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCACCCCATCCA + 22258142 22258155 -248 -235

OsREG600 GCCCACCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG534       CCCATCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCATCCA + 22258175 22258182 -215 -208

OsREG534 CCCATCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCCACGCC + 22258263 22258270 -127 -120

OsREG636 TCCACGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCACTCC`		+	22258063	22258070	-327	-320
	OsREG532	`CCCACTCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTGGCCCAGCC`		+	22258080	22258090	-310	-300
	OsREG577	`CTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG578	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG620	`GGCCCAGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG603	`GCCCAGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCCACCCCATCCA`		+	22258142	22258155	-248	-235
	OsREG600	`GCCCACCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG534	`CCCATCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCATCCA`		+	22258175	22258182	-215	-208
	OsREG534	`CCCATCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCCACGCC`		+	22258263	22258270	-127	-120
	OsREG636	`TCCACGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None