version
PlantPromoterDB promoter information of J013058E15

Summary of Gene (J013058E15)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 4  
Locus Os04g0636900        NCBI 
Gene model J013058E15  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 4: 32791542-32790343)

Genome position     
from initiation codon
011-028-G03         
012-040-G03         
AK058405            
AK065789            
AK101408            
AK119286            
J013042J24          
J033037I12          
J043031B12          
J065152N10          
J090060K17          
J090083K14          
J100046O13          
J100066G22          
TSS from cDNA
TSS information
J013058E15                       5'->3' (-)
Promoter sequence

















 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J013058E15

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone-32785591-649

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCCTCTC-3278555432785564-612-622
Y PatchCCCCTTCCTCCTCT-3278557332785586-631-644
Y PatchTCCTCCTCTCTCTCTCTCT-3278561932785637-677-695
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCCCACCAC-3278567632785684-734-742
 OsREG599GCCCACCA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG527 CCCACCAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGGCCCGGT-3278569432785702-752-760
 OsREG544CGGCCCGG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG441 GGCCCGGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTCCACGCCTC-3278574132785750-799-808
 OsREG636TCCACGCC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG503  CACGCCTC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone-32790995J090060K17, AK119286, J100046O13, J100066G22, J043031B12, 012-040-G03, AK101408, J033037I12, 011-028-G03, AK065789, J013042J24, J065152N10, J090083K14, AK058405

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCC-3279099632791026011-028-G03, 012-040-G03, AK058405, AK065789, AK101408, AK119286, J013042J24, J033037I12, J043031B12, J065152N10, J090060K17, J090083K14, J100046O13, J100066G22
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAACGGCCCAGTT-3279109532791107011-028-G03, 012-040-G03, AK058405, AK065789, AK101408, AK119286, J013042J24, J033037I12, J043031B12, J065152N10, J090060K17, J090083K14, J100046O13, J100066G22
 OsREG420AAACGGCC      PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 OsREG423 AACGGCCC     PPDB MotifGCCCA, AAACG(C/G)  PLACE Motif 
 OsREG445  ACGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifAACAAAC 
 OsREG565   CGGCCCAG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG454    GGCCCAGT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG425     GCCCAGTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCATGGGCCTT-3279111632791126011-028-G03, 012-040-G03, AK058405, AK065789, AK101408, AK119286, J013042J24, J033037I12, J043031B12, J065152N10, J090060K17, J090083K14, J100046O13, J100066G22
 OsREG525CCATGGGC    PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG517 CATGGGCC   PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG474  ATGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG430   TGGGCCTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCAAGCCCAGC-3279113932791148011-028-G03, 012-040-G03, AK058405, AK065789, AK101408, AK119286, J013042J24, J033037I12, J043031B12, J065152N10, J090060K17, J090083K14, J100046O13, J100066G22
 OsREG496CAAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG428 AAGCCCAG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG464  AGCCCAGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTGTGGGCTGTTGGGCT-3279117832791194011-028-G03, 012-040-G03, AK058405, AK065789, AK101408, AK119286, J013042J24, J033037I12, J043031B12, J065152N10, J090060K17, J090083K14, J100046O13, J100066G22
 OsREG597TTGTGGGC          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG461 TGTGGGCT         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG435   TGGGCTGT       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG594        TGTTGGGC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG458         GTTGGGCT PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.