PlantPromoterDB promoter information of J013092A03

Summary of Gene (J013092A03)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0836200 NCBI
Gene model	J013092A03
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 35989186-35987987)

`Genome position from initiation codon` 009-165-F07 AK058443 AK067084 AK101225 J013095N17 J013147J18 J023019O10 J023065N18 J033031E20 J033113E18 J033133E03 J065059J15 J065075O11 J065119I07 J065171J03 J090016D21 J100040G18 J100040L10 J100055H13 J100059I22 J100078A08 Os03g0836250 TSS from cDNA TSS information J013092A03 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J013092A03

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 35987999 -763

TSS clone peak A clone - 35987994 -758

TSS clone A clone - 35987992 -756

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	35987999	-763
TSS clone peak	`A`	clone	-	35987994	-758
TSS clone	`A`	clone	-	35987992	-756

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCCTATAAAAA - 35988027 35988038 -791 -802

Y Patch CCCCTCTCCT - 35988034 35988043 -798 -807

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCCTATAAAAA`	-	35988027	35988038	-791	-802
Y Patch	`CCCCTCTCCT`	-	35988034	35988043	-798	-807
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGGGCCCCACA - 35988123 35988133 -887 -897

OsREG567 CGGGCCCC    PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG641 GGGCCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631   GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG611    GCCCCACA PPDB Motif PLACE Motif

REG TCGTGGGC - 35988137 35988144 -901 -908

OsREG601 TCGTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGTGGGCCCCACCTG - 35988151 35988166 -915 -930

OsREG600 GGGTGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628 GGTGGGCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640   GTGGGCCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647    TGGGCCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641     GGGCCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631      GGCCCCAC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612       GCCCCACC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG514         CCCACCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTCGGCCCACAAGCGGCCCAACT - 35988198 35988220 -962 -984

OsREG575 CTCGGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658 TCGGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564   CGGCCCAC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627    GGCCCACA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG597     GCCCACAA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618             GCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563              CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626               GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG479                GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGGGCCCCACA`		-	35988123	35988133	-887	-897
	OsREG567	`CGGGCCCC`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG611	`GCCCCACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCGTGGGC`		-	35988137	35988144	-901	-908
	OsREG601	`TCGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGTGGGCCCCACCTG`		-	35988151	35988166	-915	-930
	OsREG600	`GGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG514	`CCCACCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTCGGCCCACAAGCGGCCCAACT`		-	35988198	35988220	-962	-984
	OsREG575	`CTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG564	`CGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`GGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG597	`GCCCACAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG479	`GCCCAACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None