PlantPromoterDB promoter information of J013096A05

Summary of Gene (J013096A05)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	6
Locus	Os06g0225200 NCBI
Gene model	J013096A05
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 6: 6479773-6480972)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J013096A05 5'->3' (+) Promoter sequence AK071845 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J013096A05

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 6481395 -28

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	6481395	-28

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCACGCG + 6481264 6481271 -159 -152

OsREG530 CCCACGCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCCGTT + 6481309 6481320 -114 -103

OsREG422 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431 AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG423     GGGCCGTT PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif

REG ATGGCCCACCAAC + 6481325 6481337 -98 -86

OsREG487 ATGGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG654 TGGCCCAC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628   GGCCCACC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599    GCCCACCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG520      CCACCAAC PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCACGCG`		+	6481264	6481271	-159	-152
	OsREG530	`CCCACGCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCCGTT`		+	6481309	6481320	-114	-103
	OsREG422	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG423	`GGGCCGTT`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`ATGGCCCACCAAC`		+	6481325	6481337	-98	-86
	OsREG487	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG654	`TGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG520	`CCACCAAC`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None