PlantPromoterDB promoter information of J013126N16

Summary of Gene (J013126N16)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0740700 NCBI
Gene model	J013126N16
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 31149077-31150276)

`Genome position from initiation codon` 011-093-H12 AK101589 AK102723 J013059N19 J033051A22 J033105J16 J043012N08 J090021O09 J090059D19 J100054M02 J100066B02 J100089D10 TSS from cDNA TSS information J013126N16 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J013126N16

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 31149774 -153

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	31149774	-153

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCTCTCCC + 31149755 31149767 -172 -160

Y Patch TCTTCCTCTCTCTC + 31149802 31149815 -125 -112

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCTCTCCC`	+	31149755	31149767	-172	-160
Y Patch	`TCTTCCTCTCTCTC`	+	31149802	31149815	-125	-112
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATTGGGCTGA + 31149634 31149644 -293 -283

OsREG433 AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG460 ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511   TTGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657    TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATTGGGCCAA + 31149656 31149666 -271 -261

OsREG596 TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG660    TGGGCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGGGCCGATGGGCCGA + 31149678 31149693 -249 -234

OsREG568 CGGGCCGA         PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG553      CGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590       GATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490        ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658         TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCCGGCCCATCC + 31149720 31149733 -207 -194

OsREG616 GGCCCGGC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG614 GCCCGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538   CCCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    CCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490     CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590      GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG608       GCCCATCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATTGGGCTGA`		+	31149634	31149644	-293	-283
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG460	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`TTGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG657	`TGGGCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATTGGGCCAA`		+	31149656	31149666	-271	-261
	OsREG596	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG660	`TGGGCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGGGCCGATGGGCCGA`		+	31149678	31149693	-249	-234
	OsREG568	`CGGGCCGA`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG553	`CGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCCGGCCCATCC`		+	31149720	31149733	-207	-194
	OsREG616	`GGCCCGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG614	`GCCCGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG608	`GCCCATCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None