PlantPromoterDB promoter information of J023007G05

Summary of Gene (J023007G05)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	9
Locus	Os09g0516600 NCBI
Gene model	J023007G05
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 9: 20781880-20780681)

`Genome position from initiation codon` 012-066-G06 AK070780 AK072458 AK103563 AY054407 J013058P06 J013093G04 J013096B07 J023024N12 J023036C22 J023063J20 J023068N13 J023091A08 J023099I01 J023105J21 J023121E21 J023126C21 J023133G11 J023136K23 J023138D20 J033022N20 J033065N15 J033109L23 J053042L13 J053048F16 J053073C08 J065135E24 J065210M08 J075080H01 J075082K02 J075094J24 J075106P21 J075142H01 J090007P14 J100078A03 J100085B02 TSS from cDNA TSS information J023007G05 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023007G05

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 20781057 -177

TSS clone peak A clone - 20780978 -98

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	20781057	-177
TSS clone peak	`A`	clone	-	20780978	-98

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCTCTC - 20780970 20780977 -90 -97

Y Patch TTCTCCTCC - 20780979 20780987 -99 -107

Y Patch CCTTCCTCTCTCCTCTCCTCTT - 20781008 20781029 -128 -149

Y Patch TCTCTCTCTC - 20781058 20781067 -178 -187

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCTCTC`	-	20780970	20780977	-90	-97
Y Patch	`TTCTCCTCC`	-	20780979	20780987	-99	-107
Y Patch	`CCTTCCTCTCTCCTCTCCTCTT`	-	20781008	20781029	-128	-149
Y Patch	`TCTCTCTCTC`	-	20781058	20781067	-178	-187
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCCCCCA - 20781068 20781075 -188 -195

OsREG438 ACCCCCCA PPDB Motif PLACE Motif

REG AGGTGGGCCCCACGGCCCG - 20781118 20781136 -238 -256

OsREG476 AGGTGGGC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628 GGTGGGCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640   GTGGGCCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647    TGGGCCCC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641     GGGCCCCA        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631      GGCCCCAC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG572       GCCCCACG      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG521          CCACGGCC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG504           CACGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG446            ACGGCCCG PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

REG CCCGGGCCCACCAGCCCAG - 20781140 20781158 -260 -278

OsREG539 CCCGGGCC            PPDB Motif PLACE Motif

OsREG543 CCGGGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG566   CGGGCCCA          PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG640    GGGCCCAC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628     GGCCCACC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599      GCCCACCA       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG523           CCAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG512            CAGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGACGGCT - 20781202 20781209 -322 -329

OsREG468 GGACGGCT PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCATCCA - 20781229 20781236 -349 -356

OsREG534 CCCATCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCCCCCA`		-	20781068	20781075	-188	-195
	OsREG438	`ACCCCCCA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGGTGGGCCCCACGGCCCG`		-	20781118	20781136	-238	-256
	OsREG476	`AGGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG572	`GCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG521	`CCACGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG504	`CACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG446	`ACGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
REG	`CCCGGGCCCACCAGCCCAG`		-	20781140	20781158	-260	-278
	OsREG539	`CCCGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG543	`CCGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG566	`CGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG523	`CCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG512	`CAGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGACGGCT`		-	20781202	20781209	-322	-329
	OsREG468	`GGACGGCT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCATCCA`		-	20781229	20781236	-349	-356
	OsREG534	`CCCATCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None