version
PlantPromoterDB promoter information of J023013M13

Summary of Gene (J023013M13)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 2  
Locus Os02g0562700        NCBI 
Gene model J023013M13  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 22201255-22202454)

Genome position     
from initiation codon
006-035-C05         
006-084-E03         
006-097-D08         
006-114-D01         
AB110167            
AK071800            
AK104168            
AK109435            
AY224558            
J023059I08          
J023084C06          
J023114G06          
J023142A09          
J033026E14          
J053042M10          
J053082K21          
J065105J15          
J065150F02          
J075177H05          
J080040B16          
J090077J10          
J100033N16          
TSS from cDNA
TSS information
J023013M13                       5'->3' (+)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023013M13

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone+22202124-131
TSS clone peakGclone+22202150-105
TSS cloneGclone+22202153-102

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxATATAAAG+2220212022202127-135-128
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCCGGCCCACGTCGGCCCATCA+2220194822201969-307-286
 OsREG615GCCGGCCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG542 CCGGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG564  CGGCCCAC             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG571   GGCCCACG            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG449    GCCCACGT           PPDB MotifGCCCA, ACGT  PLACE MotifACGTSSSC 
 OsREG658           TCGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490            CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG590             GGCCCATC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG607              GCCCATCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACGCGTGG+2220198022201987-275-268
 OsREG443ACGCGTGG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.