PlantPromoterDB promoter information of J023038E14

Summary of Gene (J023038E14)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	11
Locus	Os11g0593100 NCBI
Gene model	J023038E14
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 11: 24420938-24422137)

`Genome position from initiation codon` `AK070035 J100062C21 TSS from cDNA TSS information J023038E14 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023038E14

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 24420429 -59

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	24420429	-59

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTGGCCCAAA + 24420271 24420280 -217 -208

OsREG653 GTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659 TGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625   GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAAGCCCAGTA + 24420297 24420307 -191 -181

OsREG655 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG428 AAGCCCAG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG604    GCCCAGTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATGGGCCGTG + 24420334 24420344 -154 -144

OsREG630 TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490 ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445   TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG504    GGGCCGTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTGGCCCAAA`		+	24420271	24420280	-217	-208
	OsREG653	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAAGCCCAGTA`		+	24420297	24420307	-191	-181
	OsREG655	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG428	`AAGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG604	`GCCCAGTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATGGGCCGTG`		+	24420334	24420344	-154	-144
	OsREG630	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG504	`GGGCCGTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None