PlantPromoterDB promoter information of J023081I22

Summary of Gene (J023081I22)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0601800 NCBI
Gene model	J023081I22
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 24411951-24410752)

`Genome position from initiation codon` AB060276 AK099539 AK101873 AK106801 AK121758 AK121891 J013059H01 J013092F08 J013146J04 J023001K12 J023002H16 J023013B10 J023084K19 J023150E24 J033023B18 J033025F18 J033048P08 J033060M24 J033070G06 J033088P12 J033105C13 J043009N18 J065103G21 J075039H15 J090014K10 J090022N02 J090033F18 J090033I04 J090041F11 J090045P20 J090054B01 J090055M12 J090071K09 J090098O16 J090099P15 J100050I16 TSS from cDNA TSS information J023081I22 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023081I22

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 24412241 -740

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	24412241	-740

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CGCCTATAAATA - 24412267 24412278 -766 -777

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CGCCTATAAATA`	-	24412267	24412278	-766	-777
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GACGGCCCGGATCCGACCCGC - 24412290 24412310 -789 -809

OsREG584 GACGGCCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG446 ACGGCCCG             PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG544   CGGCCCGG            PPDB Motif PLACE Motif

OsREG633    GGCCCGGA           PPDB Motif PLACE Motif

OsREG588          GATCCGAC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif

OsREG552              CGACCCGC PPDB Motif PLACE Motif

REG GTCCGTCCGATC - 24412322 24412333 -821 -832

OsREG623 GTCCGTCC     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG561 TCCGTCCG    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG545   CCGTCCGA   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG484    CGTCCGAT PPDB Motif PLACE Motif

OsREG589     GTCCGATC PPDB Motif PLACE Motif

REG TCGGCCCGGGTGGGGCCCACGCCCAGAT - 24412344 24412371 -843 -870

OsREG568 TCGGCCCG                     PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

OsREG544 CGGCCCGG                    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG539   GGCCCGGG                   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG528       CGGGTGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG612         GGTGGGGC             PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631          GTGGGGCC            PPDB Motif PLACE Motif

OsREG641           TGGGGCCC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647            GGGGCCCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640             GGGCCCAC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571              GGCCCACG        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG602               GCCCACGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG486                     GCCCAGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CACGTCAC - 24412373 24412380 -872 -879

OsREG505 CACGTCAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif TGAC

REG GGCCCCACACG - 24412454 24412464 -953 -963

OsREG631 GGCCCCAC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG611 GCCCCACA   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG535   CCCCACAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG526    CCCACACG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CACTGACAGGTGG - 24412480 24412492 -979 -991

OsREG510 CACTGACA      PPDB Motif PLACE Motif TGAC

OsREG453 ACTGACAG     PPDB Motif PLACE Motif TGAC

OsREG551   CTGACAGG    PPDB Motif PLACE Motif TGAC

OsREG501     GACAGGTG PPDB Motif PLACE Motif

OsREG436      ACAGGTGG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GACGGCCCGGATCCGACCCGC`		-	24412290	24412310	-789	-809
	OsREG584	`GACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG446	`ACGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG544	`CGGCCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG633	`GGCCCGGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG588	`GATCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif
	OsREG552	`CGACCCGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTCCGTCCGATC`		-	24412322	24412333	-821	-832
	OsREG623	`GTCCGTCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG561	`TCCGTCCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG545	`CCGTCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG484	`CGTCCGAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG589	`GTCCGATC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCGGCCCGGGTGGGGCCCACGCCCAGAT`		-	24412344	24412371	-843	-870
	OsREG568	`TCGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG544	`CGGCCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG539	`GGCCCGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG528	`CGGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG612	`GGTGGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG631	`GTGGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG641	`TGGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`GGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`GGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG602	`GCCCACGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG486	`GCCCAGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CACGTCAC`		-	24412373	24412380	-872	-879
	OsREG505	`CACGTCAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GGCCCCACACG`		-	24412454	24412464	-953	-963
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG611	`GCCCCACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG535	`CCCCACAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG526	`CCCACACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CACTGACAGGTGG`		-	24412480	24412492	-979	-991
	OsREG510	`CACTGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
	OsREG453	`ACTGACAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
	OsREG551	`CTGACAGG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
	OsREG501	`GACAGGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG436	`ACAGGTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None