PlantPromoterDB promoter information of J023081N15

Summary of Gene (J023081N15)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	7
Locus	Os07g0603100 NCBI
Gene model	J023081N15
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 7: 25316926-25315727)

`Genome position from initiation codon` 011-078-E03 AK101352 J023077E09 J033022N22 J033024M18 J033034P09 J033046A06 J033051K01 J033081P09 J033091B17 J033092K23 J033132J09 J033144A14 J033145A14 J043021B20 J053024D23 J065212J10 J090055M05 J090065E14 J090092J06 TSS from cDNA TSS information J023081N15 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023081N15

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone - 25320003 -977

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	-	25320003	-977

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCGCTATAAACC - 25320027 25320038 -1001 -1012

Y Patch TCCTTCCTC - 25319971 25319979 -945 -953

Y Patch CCTCCTCTCTCC - 25319993 25320004 -967 -978

Y Patch CCCCTCTCTCTTTCTCTCTC - 25320009 25320028 -983 -1002

Y Patch CCTTCCTC - 25320037 25320044 -1011 -1018

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCGCTATAAACC`	-	25320027	25320038	-1001	-1012
Y Patch	`TCCTTCCTC`	-	25319971	25319979	-945	-953
Y Patch	`CCTCCTCTCTCC`	-	25319993	25320004	-967	-978
Y Patch	`CCCCTCTCTCTTTCTCTCTC`	-	25320009	25320028	-983	-1002
Y Patch	`CCTTCCTC`	-	25320037	25320044	-1011	-1018
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCGTGGGGCCCACCA - 25320057 25320072 -1031 -1046

OsREG530 CGCGTGGG         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG572   CGTGGGGC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631    GTGGGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG641     TGGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647      GGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640       GGGCCCAC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628        GGCCCACC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599         GCCCACCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGTGACAC - 25320081 25320088 -1055 -1062

OsREG477 AGTGACAC PPDB Motif PLACE Motif TGAC

REG GGGGCCCACA - 25320093 25320102 -1067 -1076

OsREG647 GGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640 GGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627   GGCCCACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCGGCCCATGG - 25320142 25320152 -1116 -1126

OsREG618 GCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490 CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG525    GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG TCATGGGCCTGG - 25320155 25320166 -1129 -1140

OsREG609 TCATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517 CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG474   ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG524     GGGCCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCGGGCCCACACAGCCCACCAC - 25320183 25320204 -1157 -1178

OsREG619 GCGGGCCC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG566 CGGGCCCA              PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG640   GGGCCCAC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627    GGCCCACA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG598     GCCCACAC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG435           ACAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG462             AGCCCACC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599              GCCCACCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG527               CCCACCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCATGGGCCGGA - 25320219 25320230 -1193 -1204

OsREG609 TCATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517 CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG490   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG644     GGGCCGGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCGTGGGGCCCACCA`		-	25320057	25320072	-1031	-1046
	OsREG530	`CGCGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG572	`CGTGGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG631	`GTGGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG641	`TGGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`GGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGTGACAC`		-	25320081	25320088	-1055	-1062
	OsREG477	`AGTGACAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TGAC`
REG	`GGGGCCCACA`		-	25320093	25320102	-1067	-1076
	OsREG647	`GGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`GGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCGGCCCATGG`		-	25320142	25320152	-1116	-1126
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG525	`GCCCATGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
REG	`TCATGGGCCTGG`		-	25320155	25320166	-1129	-1140
	OsREG609	`TCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG474	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG524	`GGGCCTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCGGGCCCACACAGCCCACCAC`		-	25320183	25320204	-1157	-1178
	OsREG619	`GCGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG566	`CGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`GGCCCACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG598	`GCCCACAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG435	`ACAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG462	`AGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG527	`CCCACCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCATGGGCCGGA`		-	25320219	25320230	-1193	-1204
	OsREG609	`TCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG644	`GGGCCGGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None