PlantPromoterDB promoter information of J023101H20

Summary of Gene (J023101H20)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0686800 NCBI
Gene model	J023101H20
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30085993-30087192)

`Genome position from initiation codon` 006-098-B12 006-113-H04 AK060428 AK098877 AK098893 AK121587 D38231 J013001E12 J013001N15 J013098G22 J023004P15 J023013D12 J023014D09 J023020G09 J023034A19 J023050I11 J023079D13 J023091B11 J023099M03 J023106P14 J023111F19 J023132C22 J023139O03 J023146O10 J033022G16 J033030C10 J033032G18 J033034N09 J033037K24 J033038B22 J033061E06 J033065F08 J033065I24 J033069L01 J033086N21 J033102I06 J033111N07 J033113P12 J033118K11 J033125D08 J033129P22 J033131L12 J033139D08 J033141J08 J043024B14 J053048G19 J065023B15 J065082C15 J065087D24 J065122D11 J065128P13 J065135G03 J065149I19 J065154E16 J065156K21 J065166H09 J065169F24 J065194I16 J065213M20 J075020F19 J075051J16 J075093C18 J075119H02 J075120J11 J075173A15 J080302B05 J080304G10 J080305E13 J080308A02 J080310H10 J080315L11 J090005H15 J090021C24 J090025H24 J090025M11 J090026C22 J090027H15 J090034B17 J090045G11 J090048H02 J090051N04 J090052I06 J090053G09 J090054L17 J090060M22 J090075N17 J090079K13 J090086H08 J090094N20 J100021F03 J100031M01 J100033I18 J100034P07 J100043M16 J100046J12 J100055F09 J100057D19 J100060O10 J100064G09 J100065E24 J100076M10 J100077F24 J100080E12 J100089J04 TSS from cDNA TSS information J023101H20 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023101H20

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 30086646 -97

TSS clone peak G clone + 30086651 -92

TSS clone C clone + 30086674 -69

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	30086646	-97
TSS clone peak	`G`	clone	+	30086651	-92
TSS clone	`C`	clone	+	30086674	-69

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box GGTATAAAAG + 30086615 30086624 -128 -119

Y Patch TCTCTCCCC + 30086660 30086668 -83 -75

Y Patch TCCTCCCC + 30086688 30086695 -55 -48

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`GGTATAAAAG`	+	30086615	30086624	-128	-119
Y Patch	`TCTCTCCCC`	+	30086660	30086668	-83	-75
Y Patch	`TCCTCCCC`	+	30086688	30086695	-55	-48
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAGGCCCATAC + 30086417 30086427 -326 -316

OsREG656 TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474 AGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630   GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG606    GCCCATAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATGGGCTGC + 30086447 30086456 -296 -287

OsREG432 AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491 ATGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG591   TGGGCTGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGATGGGCTTA + 30086475 30086485 -268 -258

OsREG608 GGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG466 GATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG655    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCAGCCCATTT + 30086491 30086501 -252 -242

OsREG591 GCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491 CAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG432   AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG422    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGACGGCCCAAAT + 30086506 30086518 -237 -225

OsREG624 GGACGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG584 GACGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445   ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG563    CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG493      GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAGGCCCATAC`		+	30086417	30086427	-326	-316
	OsREG656	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG606	`GCCCATAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATGGGCTGC`		+	30086447	30086456	-296	-287
	OsREG432	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG491	`ATGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG591	`TGGGCTGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGATGGGCTTA`		+	30086475	30086485	-268	-258
	OsREG608	`GGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG466	`GATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG429	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG655	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCAGCCCATTT`		+	30086491	30086501	-252	-242
	OsREG591	`GCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG491	`CAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG432	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG422	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGACGGCCCAAAT`		+	30086506	30086518	-237	-225
	OsREG624	`GGACGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG584	`GACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG493	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None