PlantPromoterDB promoter information of J023103J15

Summary of Gene (J023103J15)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0103200 NCBI
Gene model	J023103J15
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 162636-163835)

`Genome position from initiation codon` 006-040-F03 006-046-E07 006-048-H01 006-051-D11 006-073-E11 006-080-H11 006-083-D01 006-085-F04 006-091-D12 006-101-A02 006-104-F07 006-107-D10 006-117-D06 AK061557 AK104195 AK104478 AK104627 AK104772 AK119201 J013027B22 J013055A01 J013098L03 J013102L10 J013120K16 J023003O11 J023041K07 J023055G17 J023079K07 J023090N20 J023108H02 J033082M02 J065141L15 J090005I09 J090030J04 J090081B19 J090081F21 J100019G08 TSS from cDNA TSS information J023103J15 5'->3' (+) Promoter sequence AK103317 J033125H15 J065021L01 J065029M01 J065089F17 J065112N04 J065163L03 J065175B04 J065192E02 J075046C20 J075192A01 J100018H13 J100067K20 J100080N03 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023103J15

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 163696 -90

TSS clone peak G clone + 163708 -78

TSS clone A clone + 163750 -36

TSS clone G clone + 163759 -27

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	163696	-90
TSS clone peak	`G`	clone	+	163708	-78
TSS clone	`A`	clone	+	163750	-36
TSS clone	`G`	clone	+	163759	-27

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGTGTGTG + 163644 163651 -142 -135

OsREG499 GGTGTGTG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGTGTGTG`		+	163644	163651	-142	-135
	OsREG499	`GGTGTGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 162782 AK103317, J065175B04, AK103317, J033125H15, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100080N03, J065029M01, J100067K20, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065192E02, J065021L01

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	162782	AK103317, J065175B04, AK103317, J033125H15, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100080N03, J065029M01, J100067K20, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065192E02, J065021L01

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGATGGGCTTG - 162825 162835 AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03

OsREG608 GGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG466 GATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG429   ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG496    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGGCCCATGT - 162844 162854 AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03

OsREG647 GGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG489 GGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517   GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG437    GCCCATGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCTGATGGGC - 162867 162882 AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03

OsREG422 AAATGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG432 AATGGGCT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491   ATGGGCTG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657    TGGGCTGA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG607         TGATGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGCCGCA - 162902 162909 AK103317, J033125H15, J065021L01, J065029M01, J065089F17, J065112N04, J065163L03, J065175B04, J065192E02, J075046C20, J075192A01, J100018H13, J100067K20, J100080N03

OsREG643 GGGCCGCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif