PlantPromoterDB promoter information of J023108I04

Summary of Gene (J023108I04)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0626300 NCBI
Gene model	J023108I04
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 26662459-26661260)

`Genome position from initiation codon` 016-070-G04 AK122071 J033117J08 J065007O12 J065020K12 J065142D24 J065157K19 J080307H19 J080311D16 J080316C12 J080316E03 J100033K16 J100042J21 J100051E06 J100071E22 TSS from cDNA TSS information J023108I04 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023108I04

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 26661547 -88

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	26661547	-88

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GAGGCCCAC - 26661587 26661595 -128 -136

OsREG587 GAGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472 AGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TTTTGGGCCCATCA - 26661621 26661634 -162 -175

OsREG592 TTTTGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639   TTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG489     GGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590      GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG607       GCCCATCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCAGCCCAATA - 26661646 26661656 -187 -197

OsREG591 GCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511 CAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG460   AGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG596    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCAGCCCAAAC - 26661668 26661678 -209 -219

OsREG523 CCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511 CAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG457   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG593    GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AATTGGGCTGT - 26661688 26661698 -229 -239

OsREG433 AATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG460 ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511   TTGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG435    TGGGCTGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATGGGCTGG - 26661801 26661811 -342 -352

OsREG480 ATATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG465 TATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491   ATGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG523    TGGGCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GAGGCCCAC`		-	26661587	26661595	-128	-136
	OsREG587	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TTTTGGGCCCATCA`		-	26661621	26661634	-162	-175
	OsREG592	`TTTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`TTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG489	`GGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG607	`GCCCATCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCAGCCCAATA`		-	26661646	26661656	-187	-197
	OsREG591	`GCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`CAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG460	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG596	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCAGCCCAAAC`		-	26661668	26661678	-209	-219
	OsREG523	`CCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`CAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG457	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG593	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AATTGGGCTGT`		-	26661688	26661698	-229	-239
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG460	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`TTGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG435	`TGGGCTGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCTGG`		-	26661801	26661811	-342	-352
	OsREG480	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG465	`TATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG491	`ATGGGCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG523	`TGGGCTGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None