PlantPromoterDB promoter information of J023123P20

Summary of Gene (J023123P20)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	4
Locus	Os04g0674400 NCBI
Gene model	J023123P20
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 34822360-34823559)

`Genome position from initiation codon` 015-042-B08 AK102124 J013129O22 J023022I24 J023037B18 J023062I07 J023120A15 J033068P09 J033084O13 J090091E20 TSS from cDNA TSS information J023123P20 5'->3' (+) Promoter sequence J065104O14 J065118J19 J065167I12 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023123P20

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 34823516 -194

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	34823516	-194

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCCCCCCCCCCCCCC + 34823489 34823504 -221 -206

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCCCCCCCCCCCCCC`	+	34823489	34823504	-221	-206
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCGTCTC + 34823237 34823244 -473 -466

OsREG560 CGCGTCTC PPDB Motif PLACE Motif

REG TATTGGGCCAG + 34823251 34823261 -459 -449

OsREG596 TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492 ATTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659   TTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577    TGGGCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCGGCCCATCT + 34823277 34823287 -433 -423

OsREG618 GCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490 CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590   GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG456    GCCCATCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGCGTCGC + 34823325 34823332 -385 -378

OsREG559 CGCGTCGC PPDB Motif PLACE Motif CGACG

REG CGACACGTG + 34823357 34823365 -353 -345

OsREG452 CGACACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG509 GACACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCGTCTC`		+	34823237	34823244	-473	-466
	OsREG560	`CGCGTCTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TATTGGGCCAG`		+	34823251	34823261	-459	-449
	OsREG596	`TATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG492	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG659	`TTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`TGGGCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCGGCCCATCT`		+	34823277	34823287	-433	-423
	OsREG618	`GCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG456	`GCCCATCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGCGTCGC`		+	34823325	34823332	-385	-378
	OsREG559	`CGCGTCGC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`CGACG`
REG	`CGACACGTG`		+	34823357	34823365	-353	-345
	OsREG452	`CGACACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
	OsREG509	`GACACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 34823154 J065167I12, J065104O14, J065118J19, J065167I12

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	34823154	J065167I12, J065104O14, J065118J19, J065167I12

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TCTCGGCCCATGG - 34823211 34823223 J065104O14, J065118J19, J065167I12

OsREG635 TCTCGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

OsREG575 CTCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658   TCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490    CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG517     GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG525      GCCCATGG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

REG GAGACGCG - 34823237 34823244 J065104O14, J065118J19, J065167I12

OsREG560 GAGACGCG PPDB Motif PLACE Motif

REG CTGGCCCAATA - 34823251 34823261 J065104O14, J065118J19, J065167I12

OsREG577 CTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG659 TGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG492   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG596    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGATGGGCCGC - 34823277 34823287 J065104O14, J065118J19, J065167I12

OsREG456 AGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590 GATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG490   ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG618    TGGGCCGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCGACGCG - 34823325 34823332 J065104O14, J065118J19, J065167I12

OsREG559 GCGACGCG PPDB Motif PLACE Motif CGACG

REG CACGTGTCG - 34823357 34823365 J065104O14, J065118J19, J065167I12

OsREG509 CACGTGTC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG452 ACGTGTCG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC