version
PlantPromoterDB promoter information of J023142I04

Summary of Gene (J023142I04)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 9  
Locus Os09g0573200        NCBI 
Gene model J023142I04  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 9: 23764504-23765703)

Genome position     
from initiation codon
AK072865            
AK101256            
J013000I23          
J013027J02          
J013034M08          
J013037L03          
J013041D10          
J013042D15          
J013132A18          
J013160N13          
J013169I09          
J023029F18          
J023041A02          
J023097B14          
J023142N06          
J033023I21          
J033032G15          
J033042M17          
J033070F09          
J053063L09          
J053064A09          
J065073M19          
J075005H11          
J075026D12          
J075043G07          
J075084N05          
J075092D05          
J075110E24          
J075176I05          
J090009H19          
J090025K11          
J090049E20          
J090070G02          
TSS from cDNA
TSS information
J023142I04                       5'->3' (+)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J023142I04

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+23765697-257

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAGTGGGCCGTGG+2376555823765569-396-385
 OsREG478AGTGGGCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG564 GTGGGCCG    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG445  TGGGCCGT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifAACAAAC 
 OsREG504   GGGCCGTG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG521    GGCCGTGG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTATGGGCTTGG+2376558723765597-367-357
 OsREG465TATGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429 ATGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG496  TGGGCTTG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG519   GGGCTTGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.