PlantPromoterDB promoter information of J033025C03

Summary of Gene (J033025C03)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0358400 NCBI
Gene model	J033025C03
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 14655678-14656877)

`Genome position from initiation codon` 006-031-B11 006-083-B11 006-083-C09 006-088-H03 006-102-H05 AK061826 J013105M07 J013155A16 J033072L20 J033095I15 J033105E03 J033112G18 J033125D09 J065100L16 J065176I05 J090001C14 J090058E15 J090068F07 TSS from cDNA TSS information J033025C03 5'->3' (+) Promoter sequence AK060388 AK072081 J053047C05 J053047O14 J053063I18 J075063O22 J075102D22 J075173A19 J075183I10 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033025C03

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 14655991 -87

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	14655991	-87

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCCTCTCTCCTCTT + 14655981 14655995 -97 -83

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCCTCTCTCCTCTT`	+	14655981	14655995	-97	-83
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGGCGAGG + 14655725 14655732 -353 -346

OsREG549 GGGCGAGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGTTGGGCCGAA + 14655839 14655850 -239 -228

OsREG479 AGTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626 GTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658    TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG642     GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCAGCCCATTT + 14655863 14655874 -215 -204

OsREG533 CCCAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG523 CCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491   CAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG432    AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG422     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAGCCCAAACCGGCCCACCAC + 14655895 14655917 -183 -161

OsREG419 AAAAGCCC                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG421 AAAGCCCA               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG426   AAGCCCAA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG457    AGCCCAAA             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG593     GCCCAAAC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG440           ACCGGCCC      PPDB Motif GCCCA, AACCG(G/A) PLACE Motif

OsREG542            CCGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564             CGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628              GGCCCACC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599               GCCCACCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG527                CCCACCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGGCGAGG`		+	14655725	14655732	-353	-346
	OsREG549	`GGGCGAGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGTTGGGCCGAA`		+	14655839	14655850	-239	-228
	OsREG479	`AGTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG642	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCAGCCCATTT`		+	14655863	14655874	-215	-204
	OsREG533	`CCCAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG523	`CCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG491	`CAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG432	`AGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG422	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAAGCCCAAACCGGCCCACCAC`		+	14655895	14655917	-183	-161
	OsREG419	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG421	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG426	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG457	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG593	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG440	`ACCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	OsREG542	`CCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG564	`CGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG527	`CCCACCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 14655792 AK072081, AK072081, AK060388

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	14655792	AK072081, AK072081, AK060388

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTCCTC - 14655828 14655835 AK060388, AK072081

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTCCTC`	-	14655828	14655835	AK060388, AK072081
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTCGGCCCAACT - 14655839 14655850 AK060388, AK072081

OsREG642 TTCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658 TCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626    GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG479     GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCTGGG - 14655863 14655874 AK060388, AK072081

OsREG422 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG432 AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG491   ATGGGCTG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG523    TGGGCTGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG533     GGGCTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGTGGGCCGGTTTGGGCTTTT - 14655895 14655917 AK060388, AK072081

OsREG527 GTGGTGGG                PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599 TGGTGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628   GGTGGGCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564    GTGGGCCG             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542     TGGGCCGG            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG440      GGGCCGGT           PPDB Motif GCCCA, AACCG(G/A) PLACE Motif

OsREG593            GTTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG457             TTTGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG426              TTGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG421               TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG419                GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCGTCCG - 14656027 14656034 AK060388, AK072081

OsREG562 GCCGTCCG PPDB Motif PLACE Motif