version
PlantPromoterDB promoter information of J033028A16

Summary of Gene (J033028A16)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 3  
Locus Os03g0780600        NCBI 
Gene model J033028A16  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 33221569-33222768)

Genome position     
from initiation codon
005-002-D07         
009-191-B04         
AK061643            
AK065289            
AK120180            
D13224              
J013002M23          
J013033M18          
J013068M13          
J013104H05          
J023008I24          
J023025K10          
J023037L21          
J023037L22          
J023048O12          
J023064M02          
J023109G04          
J033022G05          
J033026E13          
J033050G02          
J033050M08          
J033065D08          
J033079N24          
J033086G02          
J033094O15          
J033108A21          
J033110G08          
J033121D06          
J033125D11          
J033125E16          
J043015C11          
J043031H11          
J065121H11          
J065200H24          
J075032J03          
J075065D20          
J075121B13          
J075125C18          
J075146M19          
J075155K06          
J075195B19          
J090053F04          
J090055L08          
J090064E19          
J090083J24          
J100024I23          
J100066N12          
J100076O18          
TSS from cDNA
TSS information
J033028A16                       5'->3' (+)
Promoter sequence









 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033028A16

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone+33222453-116

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGGTATAAA+3322241633222423-153-146
Y PatchTCTCCTCC+3322247233222479-97-90
Y PatchCTCTCCTC+3322248933222496-80-73
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGGGACCCAC+3322215833222166-411-403
 OsREG637GGGACCCA  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG622 GGACCCAC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
REGCAGGTGGGCCCC+3322218233222193-387-376
 OsREG514CAGGTGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG476 AGGTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG628  GGTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG640   GTGGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647    TGGGCCCC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCGTCCGAT+3322227633222284-293-285
 OsREG545CCGTCCGA  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG484 CGTCCGAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCCGTGGGCCCCACGT+3322234133222356-228-213
 OsREG531CCCGTGGG         PPDB MotifGCCCA, ACGGGC  PLACE Motif 
 OsREG547 CCGTGGGC        PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG571  CGTGGGCC       PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG640   GTGGGCCC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647    TGGGCCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG641     GGGCCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG631      GGCCCCAC   PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG572       GCCCCACG  PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG450        CCCCACGT PPDB MotifACGT  PLACE Motif 
REGTGGGTCCCACC+3322236833222378-201-191
 OsREG637TGGGTCCC    PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG648 GGGTCCCA   PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG650  GGTCCCAC  PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 
 OsREG651   GTCCCACC PPDB MotifGGGACCC  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.