PlantPromoterDB promoter information of J033031H21

Summary of Gene (J033031H21)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	1
Locus	Os01g0848200 NCBI
Gene model	J033031H21
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 1: 38186237-38187436)

`Genome position from initiation codon` `AK069425 AK101230 J023019K03 J023054C15 J023080O05 J033132N09 TSS from cDNA TSS information J033031H21 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033031H21

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG None None None

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	None	None	None

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone + 38186825 AK069425, AK101230, AK069425

TSS clone peak C clone + 38186881 AK069425, AK101230, AK069425

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	38186825	AK069425, AK101230, AK069425
TSS clone peak	`C`	clone	+	38186881	AK069425, AK101230, AK069425

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCCTTCCTCTCCCCC + 38186832 38186846 AK069425, AK101230

Y Patch CCCCTCCCC + 38186886 38186894 AK069425, AK101230

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCCTTCCTCTCCCCC`	+	38186832	38186846	AK069425, AK101230
Y Patch	`CCCCTCCCC`	+	38186886	38186894	AK069425, AK101230
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GGCTGGGCCTG + 38186548 38186558 AK069425, AK101230

OsREG603 GGCTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG620 GCTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473   CTGGGCCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCTGGGCTGA + 38186564 38186573 AK069425, AK101230

OsREG464 GCTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG512 CTGGGCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657   TGGGCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGCCCATGT + 38186650 38186658 AK069425, AK101230

OsREG467 AGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG437 GCCCATGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCCGACG + 38186759 38186766 AK069425, AK101230

OsREG483 ATCCGACG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CGACG

REG CGCGCGAC + 38186769 38186776 AK069425, AK101230

OsREG557 CGCGCGAC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG CCCACCAC + 38186813 38186820 AK069425, AK101230

OsREG527 CCCACCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif