version
PlantPromoterDB promoter information of J033069L01

Summary of Gene (J033069L01)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 1  
Locus Os01g0686800        NCBI 
Gene model J033069L01  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 30089143-30090342)

Genome position     
from initiation codon
AK060428            
AK098877            
AK121587            
D38231              
J013001E12          
J013098G22          
J023020G09          
J023034A19          
J023050I11          
J023079D13          
J023106P14          
J023111F19          
J023132C22          
J023139O03          
J023146O10          
J033022G16          
J033034N09          
J033037K24          
J033038B22          
J033061E06          
J033065F08          
J033125D08          
J033139D08          
J033141J08          
J065082C15          
J065135G03          
J065149I19          
J065154E16          
J065194I16          
J080302B05          
J080304G10          
J080305E13          
J080308A02          
J080310H10          
J080315L11          
J090025H24          
J090027H15          
J090045G11          
J090048H02          
J100031M01          
J100043M16          
J100046J12          
J100060O10          
J100064G09          
J100065E24          
J100076M10          
J100089J04          
TSS from cDNA
TSS information
J033069L01                       5'->3' (+)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033069L01

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneGclone+30086646-97
TSS clone peakGclone+30086651-92
TSS cloneCclone+30086674-69

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxGGTATAAAAG+3008661530086624-128-119
Y PatchTCTCTCCCC+3008666030086668-83-75
Y PatchTCCTCCCC+3008668830086695-55-48
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAGGCCCATAC+3008641730086427-326-316
 OsREG656TAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG474 AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG630  GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG606   GCCCATAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGAATGGGCTGC+3008644730086456-296-287
 OsREG432AATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG491 ATGGGCTG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG591  TGGGCTGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGATGGGCTTA+3008647530086485-268-258
 OsREG608GGATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG466 GATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429  ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG655   TGGGCTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGCAGCCCATTT+3008649130086501-252-242
 OsREG591GCAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG491 CAGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG432  AGCCCATT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG422   GCCCATTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGACGGCCCAAAT+3008650630086518-237-225
 OsREG624GGACGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG584 GACGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG445  ACGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifAACAAAC 
 OsREG563   CGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG625    GGCCCAAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG493     GCCCAAAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.