PlantPromoterDB promoter information of J033074G16

Summary of Gene (J033074G16)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	4
Locus	Os04g0462500 NCBI
Gene model	J033074G16
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 23499594-23500793)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J033074G16 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033074G16

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 23502580 -814

TSS clone peak G clone + 23502987 -407

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	23502580	-814
TSS clone peak	`G`	clone	+	23502987	-407

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CCTCCCCC + 23502582 23502589 -812 -805

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CCTCCCCC`	+	23502582	23502589	-812	-805
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCCAACGG + 23502314 23502321 -1080 -1073

OsREG548 TCCAACGG PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG GGCCGTGGGACCCAC + 23502368 23502382 -1026 -1012

OsREG521 GGCCGTGG        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG650     GTGGGACC    PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG648      TGGGACCC   PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG637       GGGACCCA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

OsREG622        GGACCCAC PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG TGTGGGCCCCACC + 23502400 23502412 -994 -982

OsREG627 TGTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640 GTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647   TGGGCCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641    GGGCCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631     GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612      GCCCCACC PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCCCGCG + 23502427 23502434 -967 -960

OsREG537 CCCCCGCG PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGTGGGGCCGTG + 23502467 23502480 -927 -914

OsREG527 GTGGTGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG612   GGTGGGGC     PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631    GTGGGGCC    PPDB Motif PLACE Motif

OsREG504       GGGCCGTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCACGTG + 23502483 23502490 -911 -904

OsREG507 GCCACGTG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

REG CCCCCGCG + 23502758 23502765 -636 -629

OsREG537 CCCCCGCG PPDB Motif PLACE Motif

REG GGCCGTTT + 23502774 23502781 -620 -613

OsREG420 GGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CGGGTGGG + 23502884 23502891 -510 -503

OsREG528 CGGGTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCCAACGG`		+	23502314	23502321	-1080	-1073
	OsREG548	`TCCAACGG`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`GGCCGTGGGACCCAC`		+	23502368	23502382	-1026	-1012
	OsREG521	`GGCCGTGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG650	`GTGGGACC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG648	`TGGGACCC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG637	`GGGACCCA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
	OsREG622	`GGACCCAC`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`TGTGGGCCCCACC`		+	23502400	23502412	-994	-982
	OsREG627	`TGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCCCGCG`		+	23502427	23502434	-967	-960
	OsREG537	`CCCCCGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGGTGGGGCCGTG`		+	23502467	23502480	-927	-914
	OsREG527	`GTGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG612	`GGTGGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG631	`GTGGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG504	`GGGCCGTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCACGTG`		+	23502483	23502490	-911	-904
	OsREG507	`GCCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
REG	`CCCCCGCG`		+	23502758	23502765	-636	-629
	OsREG537	`CCCCCGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GGCCGTTT`		+	23502774	23502781	-620	-613
	OsREG420	`GGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CGGGTGGG`		+	23502884	23502891	-510	-503
	OsREG528	`CGGGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None