PlantPromoterDB promoter information of J033075K16

Summary of Gene (J033075K16)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	6
Locus	Os06g0113600 NCBI
Gene model	J033075K16
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 6: 778647-779846)

`Genome position from initiation codon` 016-067-E03 AK062095 AK101235 AK122025 J013022O19 J023045P05 J033031K01 J033034I09 J033041O04 J033071K03 J033097M01 J033099M22 J033108N15 J033121D18 J033125O06 J033139M16 J033145P18 J033149D05 TSS from cDNA TSS information J033075K16 5'->3' (+) Promoter sequence AK107286 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033075K16

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 778996 -101

TSS clone peak G clone + 778999 -98

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	778996	-101
TSS clone peak	`G`	clone	+	778999	-98

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GTCCGATC + 778721 778728 -376 -369

OsREG589 GTCCGATC PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGTGGGCCAG + 778826 778836 -271 -261

OsREG449 ACGTGGGC    PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

OsREG571 CGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG654   GTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG577    TGGGCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TGTGGGCCGAAA + 778850 778861 -247 -236

OsREG627 TGTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564 GTGGGCCG    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658   TGGGCCGA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG642    GGGCCGAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG634     GGCCGAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG TTATGGGCCCAACT + 778863 778876 -234 -221

OsREG605 TTATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG630 TATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG489   ATGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639     GGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626      GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG479       GCCCAACT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCCGGA + 778881 778892 -216 -205

OsREG493 ATTTGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563   TTGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542    TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG644     GGGCCGGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCCTCCCATGGGCCAT + 778920 778941 -177 -156

OsREG493 ATTTGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625 TTTGGGCC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471   TTGGGCCT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG587    TGGGCCTC            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG525            CCATGGGC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG517             CATGGGCC   PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG488              ATGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG487               TGGGCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GTCCGATC`		+	778721	778728	-376	-369
	OsREG589	`GTCCGATC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGTGGGCCAG`		+	778826	778836	-271	-261
	OsREG449	`ACGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG654	`GTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG577	`TGGGCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TGTGGGCCGAAA`		+	778850	778861	-247	-236
	OsREG627	`TGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG564	`GTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG642	`GGGCCGAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG634	`GGCCGAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTATGGGCCCAACT`		+	778863	778876	-234	-221
	OsREG605	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG630	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG489	`ATGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG479	`GCCCAACT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCGGA`		+	778881	778892	-216	-205
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`TTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG644	`GGGCCGGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATTTGGGCCTCCCATGGGCCAT`		+	778920	778941	-177	-156
	OsREG493	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG587	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG525	`CCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG488	`ATGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG487	`TGGGCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None