PlantPromoterDB promoter information of J033079F01

Summary of Gene (J033079F01)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0169300 NCBI
Gene model	J033079F01
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 3727942-3729141)

`Genome position from initiation codon` 006-023-D12 011-038-H07 013-075-C09 015-049-F11 015-057-G02 015-092-F04 015-095-H02 015-097-B07 016-040-D02 AK070041 J013042K07 J013134H23 J013134J23 J023036N24 J023045D11 J023049C06 J023077E10 J023077F10 J023105N12 J033036O12 J033064P11 J033123M22 J033143E10 J075013D12 J090014D20 TSS from cDNA TSS information J033079F01 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033079F01

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 3727548 -194

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	3727548	-194

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTATAAA + 3727512 3727519 -230 -223

Y Patch CCCCCCTC + 3727501 3727508 -241 -234

Y Patch CCTCCCTCCTCC + 3727525 3727536 -217 -206

Y Patch TCTTCCTCTC + 3727575 3727584 -167 -158

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTATAAA`	+	3727512	3727519	-230	-223
Y Patch	`CCCCCCTC`	+	3727501	3727508	-241	-234
Y Patch	`CCTCCCTCCTCC`	+	3727525	3727536	-217	-206
Y Patch	`TCTTCCTCTC`	+	3727575	3727584	-167	-158
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCACCT + 3727266 3727273 -476 -469

OsREG476 GCCCACCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GCCCCCAC + 3727291 3727298 -451 -444

OsREG613 GCCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

REG CCGTGGGCCCACCAC + 3727356 3727370 -386 -372

OsREG547 CCGTGGGC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571 CGTGGGCC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640   GTGGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG628      GGCCCACC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599       GCCCACCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG527        CCCACCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCCACCTG + 3727420 3727427 -322 -315

OsREG514 CCCACCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCTGGGCCCCACGCCTCCCGGCCCCACA + 3727444 3727472 -298 -270

OsREG486 ATCTGGGC                      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG629 TCTGGGCC                     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG579   CTGGGCCC                    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647    TGGGCCCC                   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641     GGGCCCCA                  PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631      GGCCCCAC       GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG572       GCCCCACG                PPDB Motif PLACE Motif

OsREG503           CACGCCTC            PPDB Motif PLACE Motif

OsREG538                  CCCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG611                      GCCCCACA PPDB Motif PLACE Motif

REG GCGACGCG + 3727478 3727485 -264 -257

OsREG559 GCGACGCG PPDB Motif PLACE Motif CGACG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCACCT`		+	3727266	3727273	-476	-469
	OsREG476	`GCCCACCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GCCCCCAC`		+	3727291	3727298	-451	-444
	OsREG613	`GCCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCGTGGGCCCACCAC`		+	3727356	3727370	-386	-372
	OsREG547	`CCGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG628	`GGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG527	`CCCACCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCCACCTG`		+	3727420	3727427	-322	-315
	OsREG514	`CCCACCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATCTGGGCCCCACGCCTCCCGGCCCCACA`		+	3727444	3727472	-298	-270
	OsREG486	`ATCTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG629	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG579	`CTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG572	`GCCCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG503	`CACGCCTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG538	`CCCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG611	`GCCCCACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GCGACGCG`		+	3727478	3727485	-264	-257
	OsREG559	`GCGACGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`CGACG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None