PlantPromoterDB promoter information of J033084H11

Summary of Gene (J033084H11)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	5
Locus	Os05g0557200 NCBI
Gene model	J033084H11
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 5: 27793095-27794294)

`Genome position from initiation codon` AK062090 AK102111 J013047E13 J013089P04 J013130H17 J013132C20 J023001E06 J023108C09 J023125C12 J033023O10 J033033K16 J033064C11 J033071P07 J033072H14 J033084F06 J033097C05 J033109A02 J033136H18 J043009E20 J053035M10 J053043J22 J053082K10 J053094N13 TSS from cDNA TSS information J033084H11 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033084H11

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 27793978 -117

TSS clone peak C clone + 27794012 -83

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	27793978	-117
TSS clone peak	`C`	clone	+	27794012	-83

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AATTGGGCT + 27793700 27793708 -395 -387

OsREG433 AATTGGGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG460 ATTGGGCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGGGCCCAAG + 27793751 27793760 -344 -335

OsREG475 AGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG639 GGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG581   GGCCCAAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTTGGGCTCGGCCCAACA + 27793777 27793794 -318 -301

OsREG459 CTTGGGCT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG575       CTCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG658        TCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG563         CGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626          GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG594           GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GATCGGACGG + 27793841 27793850 -254 -245

OsREG589 GATCGGAC   PPDB Motif PLACE Motif

OsREG484 ATCGGACG PPDB Motif PLACE Motif

OsREG545   TCGGACGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CGTGTGGGGCCCACGCG + 27793888 27793904 -207 -191

OsREG526 CGTGTGGG          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG535 GTGTGGGG         PPDB Motif PLACE Motif

OsREG611   TGTGGGGC        PPDB Motif PLACE Motif

OsREG631    GTGGGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

OsREG641     TGGGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647      GGGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640       GGGCCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571        GGCCCACG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG602         GCCCACGC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG530          CCCACGCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CACGCCAC + 27793918 27793925 -177 -170

OsREG502 CACGCCAC PPDB Motif PLACE Motif

REG CGCACGCG + 27793934 27793941 -161 -154

OsREG555 CGCACGCG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AATTGGGCT`		+	27793700	27793708	-395	-387
	OsREG433	`AATTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG460	`ATTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGGGCCCAAG`		+	27793751	27793760	-344	-335
	OsREG475	`AGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG639	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG581	`GGCCCAAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTTGGGCTCGGCCCAACA`		+	27793777	27793794	-318	-301
	OsREG459	`CTTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG575	`CTCGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG658	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG563	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG594	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GATCGGACGG`		+	27793841	27793850	-254	-245
	OsREG589	`GATCGGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG484	`ATCGGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG545	`TCGGACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGTGTGGGGCCCACGCG`		+	27793888	27793904	-207	-191
	OsREG526	`CGTGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG535	`GTGTGGGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG611	`TGTGGGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG631	`GTGGGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG641	`TGGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`GGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`GGCCCACG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG602	`GCCCACGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG530	`CCCACGCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CACGCCAC`		+	27793918	27793925	-177	-170
	OsREG502	`CACGCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CGCACGCG`		+	27793934	27793941	-161	-154
	OsREG555	`CGCACGCG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None