PlantPromoterDB promoter information of J033097L19

Summary of Gene (J033097L19)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	4
Locus	Os04g0436800 NCBI
Gene model	J033097L19
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 4: 21752110-21750911)

`Genome position from initiation codon` `AK064607 TSS from cDNA TSS information J033097L19 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033097L19

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 21750448 -38

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	21750448	-38

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAGGCCCAAAA - 21750490 21750501 -80 -91

OsREG497 CAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG430 AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG592     GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ACGTGGGCCTGA - 21750523 21750534 -113 -124

OsREG449 ACGTGGGC     PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

OsREG571 CGTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG472   GTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG646     GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CACGTCAC - 21750714 21750721 -304 -311

OsREG505 CACGTCAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif TGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAGGCCCAAAA`		-	21750490	21750501	-80	-91
	OsREG497	`CAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG592	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ACGTGGGCCTGA`		-	21750523	21750534	-113	-124
	OsREG449	`ACGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG472	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG646	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CACGTCAC`		-	21750714	21750721	-304	-311
	OsREG505	`CACGTCAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`TGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None