PlantPromoterDB promoter information of J033098E13

Summary of Gene (J033098E13)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	6
Locus	Os06g0187900 NCBI
Gene model	J033098E13
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 6: 4428463-4429662)

`Genome position from initiation codon` `009-171-C09 AK063879 AK071765 J023112N11 J100036J11 J100047B19 TSS from cDNA TSS information J033098E13 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033098E13

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 4427671 -342

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	4427671	-342

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTCTCCCCC + 4427652 4427661 -361 -352

Y Patch CCCCTCTCCT + 4427710 4427719 -303 -294

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTCTCCCCC`	+	4427652	4427661	-361	-352
Y Patch	`CCCCTCTCCT`	+	4427710	4427719	-303	-294
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAGCCCAC + 4427556 4427564 -457 -449

OsREG655 TAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG427 AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CGGGCCCAAA + 4427575 4427584 -438 -429

OsREG566 CGGGCCCA   PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG639 GGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625   GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CCAGGCCCAAAC + 4427588 4427599 -425 -414

OsREG524 CCAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG513 CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG625    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG593     GCCCAAAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAAGCCCAACC + 4427619 4427629 -394 -384

OsREG496 CAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG426 AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG458   AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG595    GCCCAACC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAGCCCAC`		+	4427556	4427564	-457	-449
	OsREG655	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG427	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CGGGCCCAAA`		+	4427575	4427584	-438	-429
	OsREG566	`CGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG639	`GGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CCAGGCCCAAAC`		+	4427588	4427599	-425	-414
	OsREG524	`CCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG513	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG625	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG593	`GCCCAAAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAAGCCCAACC`		+	4427619	4427629	-394	-384
	OsREG496	`CAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG426	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG458	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG595	`GCCCAACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None