PlantPromoterDB promoter information of J033099K13

Summary of Gene (J033099K13)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	8
Locus	Os08g0549300 NCBI
Gene model	J033099K13
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 8: 27658804-27657605)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J033099K13 5'->3' (-) Promoter sequence Os08g0549400 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033099K13

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone - 27656600 -46

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	27656600	-46

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTCTCTCCTCCTCCC - 27656611 27656627 -57 -73

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTCTCTCCTCCTCCC`	-	27656611	27656627	-57	-73
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCCACGTGGGCCCCACC - 27656695 27656712 -141 -158

OsREG448 CGCCACGT           PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG507 GCCACGTG          PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGTGKC

OsREG508    CACGTGGG        PPDB Motif ACGT PLACE Motif

OsREG449     ACGTGGGC       PPDB Motif GCCCA, ACGT PLACE Motif ACGTSSSC

OsREG571      CGTGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG640       GTGGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG647        TGGGCCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG641         GGGCCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG631          GGCCCCAC PPDB Motif PLACE Motif

OsREG612           GCCCCACC PPDB Motif PLACE Motif

REG TCGGCCCG - 27656728 27656735 -174 -181

OsREG568 TCGGCCCG PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif

REG AAACGGCCCATCC - 27656742 27656754 -188 -200

OsREG420 AAACGGCC      PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

OsREG423 AACGGCCC     PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif

OsREG445   ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG490    CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG590     GGCCCATC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG608      GCCCATCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGGCCGGA - 27656759 27656766 -205 -212

OsREG644 GGGCCGGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCAGCCCACCAAC - 27656772 27656784 -218 -230

OsREG657 TCAGCCCA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG462   AGCCCACC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG599    GCCCACCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG520      CCACCAAC PPDB Motif CCAACGG PLACE Motif

REG CATGGGCCGGA - 27656861 27656871 -307 -317

OsREG517 CATGGGCC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

OsREG490 ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG542   TGGGCCGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG644    GGGCCGGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCCACGTGGGCCCCACC`		-	27656695	27656712	-141	-158
	OsREG448	`CGCCACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
	OsREG507	`GCCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGTGKC`
	OsREG508	`CACGTGGG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif
	OsREG449	`ACGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGT`	PLACE Motif	`ACGTSSSC`
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG640	`GTGGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG647	`TGGGCCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG641	`GGGCCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG631	`GGCCCCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG612	`GCCCCACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCGGCCCG`		-	27656728	27656735	-174	-181
	OsREG568	`TCGGCCCG`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif
REG	`AAACGGCCCATCC`		-	27656742	27656754	-188	-200
	OsREG420	`AAACGGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	OsREG423	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	OsREG445	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG490	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG590	`GGCCCATC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG608	`GCCCATCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGGCCGGA`		-	27656759	27656766	-205	-212
	OsREG644	`GGGCCGGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TCAGCCCACCAAC`		-	27656772	27656784	-218	-230
	OsREG657	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG462	`AGCCCACC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG599	`GCCCACCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG520	`CCACCAAC`		PPDB Motif	`CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`CATGGGCCGGA`		-	27656861	27656871	-307	-317
	OsREG517	`CATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	OsREG490	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG542	`TGGGCCGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG644	`GGGCCGGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None