version
PlantPromoterDB promoter information of J033123P06

Summary of Gene (J033123P06)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 2  
Locus Os02g0804300        NCBI 
Gene model J033123P06  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 35182567-35183766)

Genome position     
from initiation codon
006-046-D12         
AK060165            
AK067584            
J013112C12          
J023098C22          
J065060N24          
J065069H22          
J065155N20          
J065170K07          
J090033D12          
TSS from cDNA
TSS information
J033123P06                       5'->3' (+)
Promoter sequence







 
009-077-E08         
009-136-F07         
009-184-A06         
013-026-D08         
J065002E11          
J065158N13          
J075194C14          
J090057B21          
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033123P06

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone+35183477-90

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGGCTGGGCCGGG+3518335935183369-208-198
 OsREG620GCTGGGCC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG565 CTGGGCCG   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG542  TGGGCCGG  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG538   GGGCCGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTTTGGGCCTT+3518337635183386-191-181
 OsREG592TTTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG625 TTTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG471  TTGGGCCT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG430   TGGGCCTT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTCTCGGCCCATTTCACGTGTC+3518339335183413-174-154
 OsREG635TCTCGGCC              PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG575 CTCGGCCC             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG658  TCGGCCCA            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490   CGGCCCAT           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431    GGCCCATT          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG422     GCCCATTT         PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG509             CACGTGTC PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGTGKC 
REGGAGGCCCATGA+3518342535183435-142-132
 OsREG587GAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG474 AGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG517  GGCCCATG  PPDB MotifGCCCA, CCATGG  PLACE Motif 
 OsREG609   GCCCATGA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone+35183599006-046-D12, AK060165

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCCTCTC+3518363735183645006-046-D12, AK060165
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGCCCAGTA+3518343935183446006-046-D12, AK060165
 OsREG604GCCCAGTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCACTGAC+3518349635183503006-046-D12, AK060165
 OsREG522CCACTGAC PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.