version
PlantPromoterDB promoter information of J033132K04

Summary of Gene (J033132K04)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 7  
Locus Os07g0206700        NCBI 
Gene model J033132K04  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 7: 5789848-5788649)

Genome position     
from initiation codon
013-093-G04         
AF042332            
AK072893            
AK100653            
J013092K05          
J023030D07          
J023101M14          
J023111D19          
J023121P10          
J023149L23          
J033080A22          
J033088A07          
J100035B02          
J100078D10          
TSS from cDNA
TSS information
J033132K04                       5'->3' (-)
Promoter sequence


 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J033132K04

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGNoneNoneNone

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakAclone-5788803AK072893, AK072893, J023149L23, J013092K05, J023101M14, J033088A07, J100027J01, 013-093-G04, J100035G22, J023030D07, J023121P10, J100035B02, J100078D10, J033080A22, AK100653, J023111D19

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCCCTC-57887865788793013-093-G04, AK072893, AK100653, J013092K05, J023030D07, J023101M14, J023111D19, J023121P10, J023149L23, J033080A22, J033088A07, J100027J01, J100035B02, J100035G22, J100078D10
Y PatchTCCTCCCC-57887955788802013-093-G04, AK072893, AK100653, J013092K05, J023030D07, J023101M14, J023111D19, J023121P10, J023149L23, J033080A22, J033088A07, J100027J01, J100035B02, J100035G22, J100078D10
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGCCGAGAT-57888475788854013-093-G04, AK072893, AK100653, J013092K05, J023030D07, J023101M14, J023111D19, J023121P10, J023149L23, J033080A22, J033088A07, J100027J01, J100035B02, J100035G22, J100078D10
 OsREG485GCCGAGAT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCCATCCA-57890275789034013-093-G04, AK072893, AK100653, J013092K05, J023030D07, J023101M14, J023111D19, J023121P10, J023149L23, J033080A22, J033088A07, J100027J01, J100035B02, J100035G22, J100078D10
 OsREG534CCCATCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.