PlantPromoterDB promoter information of J043020A13

Summary of Gene (J043020A13)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	3
Locus	Os03g0701700 NCBI
Gene model	J043020A13
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 28936694-28935495)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J043020A13 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J043020A13

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone - 28934508 -764

TSS clone peak G clone - 28934482 -738

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	28934508	-764
TSS clone peak	`G`	clone	-	28934482	-738

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCCTCCTCTCTCTCC - 28934434 28934448 -690 -704

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCCTCCTCTCTCTCC`	-	28934434	28934448	-690	-704
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCGTGGGCCAC - 28934776 28934787 -1032 -1043

OsREG531 CCCGTGGG     PPDB Motif GCCCA, ACGGGC PLACE Motif

OsREG547 CCGTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG571   CGTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG654    GTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG653     TGGGCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGTGTGTGGGCCGTGTGGC - 28934789 28934807 -1045 -1063

OsREG499 GGTGTGTG            PPDB Motif PLACE Motif

OsREG598    GTGTGGGC         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG627     TGTGGGCC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG564      GTGGGCCG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG445       TGGGCCGT      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif AACAAAC

OsREG504        GGGCCGTG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG573            CGTGTGGC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCGTGGGCCAC`		-	28934776	28934787	-1032	-1043
	OsREG531	`CCCGTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, ACGGGC`	PLACE Motif
	OsREG547	`CCGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG571	`CGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG654	`GTGGGCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG653	`TGGGCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGTGTGTGGGCCGTGTGGC`		-	28934789	28934807	-1045	-1063
	OsREG499	`GGTGTGTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG598	`GTGTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG627	`TGTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG564	`GTGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG445	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`AACAAAC`
	OsREG504	`GGGCCGTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG573	`CGTGTGGC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None