version
PlantPromoterDB promoter information of J053065L13

Summary of Gene (J053065L13)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 8  
Locus Os08g0155000        NCBI 
Gene model J053065L13  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 8: 3169776-3168577)

Genome position     
from initiation codon
004-001-C12         
014-030-C11         
AK060859            
AK099613            
J013050A14          
J013154C17          
J033039F14          
J033126I18          
J043005A17          
J053027C13          
J053033I07          
J053054P04          
J053060F22          
J053061P10          
J053099H19          
J053101D09          
J075062C16          
J075129P09          
J075135C02          
J075147P13          
J090007K03          
J090050M06          
J090057M20          
J090070B06          
J090080D11          
J100021D15          
TSS from cDNA
TSS information
J053065L13                       5'->3' (-)
Promoter sequence











 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J053065L13

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakGclone-3169556-780

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCCCCCTC-31695893169596-813-820
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTGATGGGCCTAATGGGCCAAGCCCATCAAGGCCCACAC-31696073169644-831-868
 OsREG590 GATGGGCC                              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG474  ATGGGCCT                             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG656   TGGGCCTA                            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG610         TAATGGGC                      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG431          AATGGGCC                     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG488           ATGGGCCA                    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG660            TGGGCCAA                   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG519                CCAAGCCC               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG496                 CAAGCCCA              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG429                  AAGCCCAT             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG466                   AGCCCATC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG607TGATGGGC            GCCCATCA           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG497                          CAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG430                           AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG472                            AGGCCCAC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG627                             GGCCCACA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG598                              GCCCACAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTATGGGCTCGGCCCATAT-31696493169667-873-891
 OsREG605TTATGGGC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG465 TATGGGCT           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG575       CTCGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG658        TCGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG490         CGGCCCAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG630          GGCCCATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG480           GCCCATAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.