PlantPromoterDB promoter information of J053089P04

Summary of Gene (J053089P04)

Organism	Oryza sativa
Chromosome	2
Locus	Os02g0220600 NCBI
Gene model	J053089P04
Description	NONE

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 6744377-6745576)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information J053089P04 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J053089P04

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak G clone + 6745992 -235

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	6745992	-235

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAGGCCCAACA + 6745738 6745748 -489 -479

OsREG430 AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG471 AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG626   GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG594    GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAGGCCCATTTCAGCCCAACA + 6745759 6745779 -468 -448

OsREG430 AAGGCCCA              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG474 AGGCCCAT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG431   GGCCCATT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG422    GCCCATTT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG657           TCAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511            CAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG458             AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG594              GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCCGTTACAGCCCAACA + 6745798 6745816 -429 -411

OsREG424 GGCCCGTT            PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif

OsREG435         ACAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG511          CAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG458           AGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif

OsREG594            GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAGGCCCAGA + 6745829 6745838 -398 -389

OsREG587 GAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG473 AGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

OsREG629   GGCCCAGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATCGGACGG + 6745893 6745901 -334 -326

OsREG484 ATCGGACG PPDB Motif PLACE Motif

OsREG545 TCGGACGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CTCGCGCG + 6745911 6745918 -316 -309

OsREG558 CTCGCGCG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAGGCCCAACA`		+	6745738	6745748	-489	-479
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG471	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG626	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG594	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAGGCCCATTTCAGCCCAACA`		+	6745759	6745779	-468	-448
	OsREG430	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG474	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG431	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG422	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG657	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`CAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG458	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG594	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCCCGTTACAGCCCAACA`		+	6745798	6745816	-429	-411
	OsREG424	`GGCCCGTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG435	`ACAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG511	`CAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG458	`AGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif
	OsREG594	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAGGCCCAGA`		+	6745829	6745838	-398	-389
	OsREG587	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG473	`AGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	OsREG629	`GGCCCAGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATCGGACGG`		+	6745893	6745901	-334	-326
	OsREG484	`ATCGGACG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	OsREG545	`TCGGACGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTCGCGCG`		+	6745911	6745918	-316	-309
	OsREG558	`CTCGCGCG`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None