version
PlantPromoterDB promoter information of J053099N16

Summary of Gene (J053099N16)

Organism Oryza sativa  
Chromosome 1  
Locus Os01g0276700        NCBI 
Gene model J053099N16  
Description NONE  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 1: 9699560-9698361)

Genome position     
from initiation codon
011-014-A12         
012-092-G12         
AK103164            
AK103465            
J023019H09          
J023084I02          
J033027F20          
J033029M06          
J033039K13          
J033057C24          
J033058G20          
J033060A14          
J033061M21          
J033068M10          
J033074K16          
J033076C11          
J033093O13          
J033119H20          
J033121D22          
J033129N11          
J033131E12          
J033150L07          
J053024N17          
J053034G19          
J053035E18          
J053046M01          
J053047P04          
J053048B06          
J053050M22          
J053053E09          
J053053I07          
J053059K03          
J053059P12          
J053060C12          
J053060H24          
J053064D19          
J053066L15          
J053073I02          
J053083E15          
J053094D05          
J053094P18          
J053095C15          
J053095C21          
J090025O19          
J090049N22          
J090050F17          
TSS from cDNA
TSS information
J053099N16                       5'->3' (-)
Promoter sequence












 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of J053099N16

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS clone peakAclone-9698773-213
TSS clone peakGclone-9698674-114

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCTCGCCCAACC-96987229698733-162-173
 OsREG549CCTCGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG595    GCCCAACC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCACCGCACCGC-96987779698787-217-227
 OsREG500CACCGCAC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG554   CGCACCGC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCGTTGGA-96988009698807-240-247
 OsREG548CCGTTGGA PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
REGCCCGGCCCACAC-96988459698856-285-296
 OsREG538CCCGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG542 CCGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG564  CGGCCCAC   PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG627   GGCCCACA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG598    GCCCACAC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGGGGTGGGCCCCACCTGTCAGT-96988599698879-299-319
 OsREG600GGGTGGGC              PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG628 GGTGGGCC             PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG640  GTGGGCCC            PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG647   TGGGCCCC           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG641    GGGCCCCA          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG631     GGCCCCAC         PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG612      GCCCCACC        PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG514        CCCACCTG      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 OsREG436         CCACCTGT     PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG501          CACCTGTC    PPDB Motif  PLACE Motif 
 OsREG551            CCTGTCAG  PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 
 OsREG453             CTGTCAGT PPDB Motif  PLACE MotifTGAC 
REGGCCCCCAC-96988899698896-329-336
 OsREG613GCCCCCAC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAACTGGGC-96989489698955-388-395
 OsREG425AACTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.